M2 - Modélisation des circuits de régulation transcriptionnels humains

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Détails de renouvellement
dates de stage flexibles
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

25 rue du Docteur Roux
75015 Paris
France

Contacts
Violaine Saint-André
Email du/des contacts
violaine.saint-andre@pasteur.fr
Description

Modélisation des circuits de régulation transcriptionnels humains

L’objectif de ce stage est de contribuer au développement d’une nouvelle version du programme CRCmapper (https://bitbucket.org/young_computation/crcmapper) (Python). Cet outil bioinformatique initialement développé au Massachussetts Institute of Technology (Saint-André et al., 2016) est déjà très utilisé par la communauté scientifique. CRCmapper permet de générer des cartes de régulation transcriptionnelles à partir de données d’immuno-précipitation de la chromatine (ChIP-seq). Ces cartes aident à mieux comprendre la régulation des programmes d’expression des gènes dans chaque type cellulaire, lors des changements d’états cellulaires ou au cours du développement tumoral.

Ce stage est adapté à un(e) élève Ingénieur(e) ou étudiant(e) en M2 bioinformatique familiarisé(e) avec les langages Bash et Python et possédant un intérêt pour la biologie. L’étudiant(e)sera encadré(e) par Dr. Violaine Saint-André au sein du HUB de Bioinformatique et Biostatistique (50 ingénieurs). Il/Elle analysera et intégrera différents jeux de données omiques et sera formé(e) à l’utilisation du cluster de calcul haute performance de l’Institut Pasteur. Ce travail pourra être valorisé par une publication. Le stage peut être réalisé en anglais.

Saint-André V, Federation AJ, Lin CY, Abraham BJ, Reddy J, Lee TI, Bradner JE, Young RA. Models of human core transcriptional regulatory circuitries. Genome Res. 2016 Mar;26(3):385-96. doi: 10.1101/gr.197590.115.

Model human transcriptional regulatory circuitries

The aim of this internship is to contribute to the development of a new version of the CRCmapper program (https://bitbucket.org/young_computation/crcmapper) (Python). This bioinformatic tool initially developed at the Massachusetts Institute of Technology (Saint-André et al., 2016) is already largely used by the scientific community. CRCmapper allows to generate transcriptional regulatory maps using as input chromatin immuno-precipitation data (ChIP-seq). These maps help better understand gene expression program regulation in each cell type, during cell state changes or tumor development.

This internship is well suited for an engineering student or a student following a bioinformatics M2 familiar with Bash and Python languages and with interest in biology. The student will be trained by Dr. Violaine Saint-André within the HUB of Bioinformatics and Biostatistics (50 engineers). He/She will analyze and integrate multiple omics datasets and will be trained to use the high-performance cluster of the Pasteur Institute. This work could be valorized by a publication. This internship can be performed in English.

Saint-André V, Federation AJ, Lin CY, Abraham BJ, Reddy J, Lee TI, Bradner JE, Young RA. Models of human core transcriptional regulatory circuitries. Genome Res. 2016 Mar;26(3):385-96. doi: 10.1101/gr.197590.115.