Bioinformaticien(ne) en analyse de données biologique / Ingénieur(e) d’Etude

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Pavillon Taillefer
CHU Grenoble
38000 Grenoble
France

Contacts
Magali Richard
Daniel Jost
Email du/des contacts
magali.richard@univ-grenoble-alpes.fr
daniel.jost@univ-grenoble-alpes.fr
Description

Contexte scientifique :
Il existe une grande hétérogénéité tumorale entre les patients atteints de cancer. Cette variabilité diminue considérablement l’efficacité des traitements thérapeutiques. Malheureusement, quantifier et analyser cette hétérogénéité est très difficile. En partenariat avec le programme européen Innovative Education de l’EIT Health et le Plan Cancer de l’INSERM, nous proposons un projet d’exploration de l’hétérogénéité tumorale à partir de l’étude de la méthylation de l’ADN.

L’ingénieur(e) recruté(e) sera en charge de :
(i) développer un pipeline informatique pour collecter et traiter des données publiques de méthylation haut débit (450K, 800K, RRBS, WGBS).
(ii) réaliser le traitement bioinformatique de données expérimentales (RNA-seq, methylation 800K et RRBS) produites par l’équipe (mélange expérimental de différents types de cellulaire, biopsies de tumeurs solides).
(ii) créer un jeu de données permettant le benchmarking de méthodes de déconvolution de signal. Ce jeu de données sera ensuite utilisé dans un projet de data challenge. Cette tâche sera réalisée en collaboration avec nos partenaires de l'EIT Health, S. Escalera (Université de Barcelone) et I. Guyon (INRIA Paris).

Profil et compétences recherchées :
Formation (niveau Master, école d’ingénieur, ou équivalent) en bioinformatique
Compétences avancées en programmation scientifique (R ou équivalent).
Aptitudes à gérer et utiliser des données massives de type ‘omique’.
Fort intérêt pour les applications biologiques ou médicales.
Capacité à travailler en équipe dans un contexte interdisciplinaire.
Maîtrise courante de l’anglais.

Envoyer un CV, une lettre de motivation et 2 lettres de recommandation par courriel à magai.richard@univ-grenoble-alpes.fr