Annotation automatique d'expériences en biologie systémique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
Le stage de M2 pourra être prolongé par une thèse ou un CDD.
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Université de Tours
37000 Tours
France

Contacts
Denis Maurel
Anne Poupon
Email du/des contacts
Denis.Maurel@univ-tours.fr
Anne.Poupon@inra.fr
Description

=======Stage de master de 6 mois au Lifat, université de Tours : annotation automatique d'expériences en biologie systémique==========
****Description****
Dans le cadre du projet ANR Abliss (Automating Building from Literature of Signalling Systems), le laboratoire de recherche en informatique fondamentale et appliquée (Lifat) de l'université de Tours propose un stage de master de 6 mois (avec prolongement possible par un CDD ou une thèse), à compter de mars-avril 2019.
Le stagiaire travaillera sur le logiciel libre Unitex pour modéliser (dans des textes en anglais) les protéines, gènes, molécules, etc. qui apparaissent dans des descriptions d'expériences extraites des articles scientifiques du domaine de la biologie systémique. Ceci pour sélectionner les phrases contenant de telles descriptions et les annoter sous une forme Prédicat-Arguments. Il aura aussi pour charge le dépouillement et l'analyse des résultats obtenus.
****Compétences****
Idéalement, la personne candidate devra être dans un master en bio-informatique (si possible avec une licence en informatique) ou un master mention CCI (avec des études antérieures en biologie). Des candidatures d'étudiants en master de traitement automatique des langues (avec une formation informatique) sont aussi possibles, sous réserve de connaissances en biologie. La connaissance d'Unitex peut être un plus, mais n'est pas obligatoire.
****Localisation****
Le stage est situé au laboratoire de recherche en informatique fondamentale et appliquée (Lifat) de l'université de Tours, 64 avenue Jean-Portalis, 37200 Tours. La personne recrutée travaillera dans l'équipe BdTln. Des déplacements chez les autres partenaires du projet (INRA de Tours et LRI de l'université Paris-Sud) pourront être demandés.
****Gratification****
La gratification est celle prévue par la loi. ****Date limite de candidature****
28 février 2019
****Procédure de candidature****
Merci de joindre une lettre de motivation et un CV avec un contact académique et, éventuellement, une lettre de recommandation.