M1 - étude de l’évolution génomique de Salmonella Derby sur 10 ans, adaptation à l’hôte porcin et aviaire

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

14 rue Pierre et Marie Curie
94701 Maisons Alfort
France

Contacts
Sabrina Cadel-Six, Salmonella project menager
Laurent GUILLIER, Salmonella and Listeria team menager
Email du/des contacts
sabrina.cadelsix@anses.fr
laurent.GUILLIER@anses.fr
Description

L’étude de la diversité génétique de Salmonella Derby (S. Derby) en France menée au
sein de l’Unité Salmonella et Listeria du Laboratoire de Sécurité des Aliments (Sévellec at
al., 2018a et 2018b) complète et rassemble de façon cohérente les résultats entrevus dans
les études précédentes (Hauser et al., 2011; Kerouanton et al., 2013; Hayward et al.,
2016; Zheng et al., 2017) et constitue une base pour une source-attribution rapide des
souches de S. Derby. L’étude réalisée souffre cependant d’une fenêtre de temps limité (2
ans, de 2014 à 2015) et du fait qu’elle laisse de côté les souches de S. Derby dans les
secteurs où la prévalence de ce sérovar est faible. Or des souches de ce sérovar ont pu
être isolées quoique de façon minoritaire dans d’autres filières d’élevages que celles
porcine et aviaire, dans l’environnement, chez les végétaux ou dans le secteur bovin. Pour
appréhender la dynamique des populations de S. Derby en France, une étude des
souches historiques et des réservoirs minoritaires permettrait d’approfondir les
connaissances sur ce pathogène et de mieux comprendre la gamme d’hôte de chacune
des lignées génétiques identifiées. A ces fins nous proposons d’effectuer une étude sur la
diversité génomique de S. Derby au sein de la collection du Réseau Salmonella (réseau
géré par l’Unité SEL). Plus de 400 souches issues d’isolement sur tous les secteurs et sur
une fenêtre temporelle de dix ans ont été analysées en MLVA, parmi ces souches,
nombreuses ont été séquencées par la technologie Illumina. Cette étude prévoit l’analyse
génomique de ces souches et une étude de l’évolution spatio-temporelle de ce pathogène
en France.
PROFIL RECHERCHÉ : Diplôme en cours Master 1
Compétences : Qualités rédactionnelles (maîtrise de l’orthographe), sens de l’information, de la veille scientifique, pragmatisme et rigueur, Excel, Power point, Word, outils de bio-informatique (NCBI, blast, ORF finder, RasMol), initiation à la programmation en langage schème, linux, ROARY, SCOARY