Assemblage guidé de grands génomes de plantes en utilisant le séquençage par nanopore.

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

2 rue Gaston Cremieux
91000 Evry
France

Contacts
Jean-Marc Aury
Email du/des contacts
stage_rdbioseq@genoscope.cns.fr
Description

Mots clés: Assemblage, Oxford Nanopore, Génomique comparative.

Descriptif: Le Genoscope participe à de nombreuses initiatives visant à séquencer les génomes d’organismes variés. Pour cela le Genoscope s’appuie notamment sur le séquençage nanopore, commercialisée par Oxford Nanopore Technologies (ONT). Les premières versions du séquenceur (MinION) proposées par ONT ne permettaient, de part leur débit restreint, de ne séquencer que de petits génomes de quelques dizaines de mégabase. A présent, la version haut-débit (PromethION) permet de séquencer des génomes de plusieurs centaines de mégabases. Cependant le séquençage de génomes de plusieurs dizaines de gigabases reste coûteux. Dans ce contexte, nous proposons un stage orienté “recherche en bioinformatique”, visant à développer une méthode permettant de produire des assemblages guidés (en utilisant un génome de référence proche et des lectures longues) pour des génomes de plantes >10Gb.

Référence: CrossStitch (https://github.com/schatzlab/crossstitch).

Python, Assemblage, Comparaison de génomes, Algorithmique, R