Post-doctorat - Projet VACCIVINE "Plan National Dépérissement du Vignoble"

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

28 rue de Herrlisheim
68000 Colmar
France

Contacts
Olivier LEMAIRE
Emmanuelle VIGNE
Email du/des contacts
olivier.lemaire@inra.fr
emmanuelle.vigne@inra.fr
Description

Please, see English version below.

OFFRE DE POSITION POST-DOCTORALE

Projet VACCIVINE, Plan National Dépérissement du Vignoble, INRA Colmar, France

L’Institut National de la Recherche Agronomique est un établissement public réunissant plus de 10 000 agents sur l’ensemble du territoire français. Premier institut de recherche agronomique européen, l'Inra mène des recherches finalisées pour une alimentation adaptée, pour un environnement préservé et pour une agriculture compétitive et durable.

VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS

  • PROJET VACCIVINE : Le Grapevine fanleaf virus (GFLV) est l’un des virus responsables de la maladie du court-noué. Cette maladie, à l’origine d’un dépérissement en expansion dans le vignoble français avec parfois des pertes économiques majeures, ne bénéficie d’aucun moyen de lutte efficace. Le projet VACCIVINE vise à évaluer la prémunition par des souches de GFLV hypo-agressives comme stratégie de biocontrôle de ce dépérissement viral. Ce projet est basé sur un réseau d’expérimentations de vignes prémunies au vignoble dans lesquelles des données agronomiques, sérologiques et moléculaires sont collectées. Les objectifs du projet VACCIVINE sont d’apporter des éléments de compréhension sur les différents niveaux de protection ou non, observés dans les vignes prémunies, d’en étudier le mécanisme, d’identifier de nouvelles souches de GFLV prémunisantes et d’établir la preuve du concept afin de les expérimenter d’abord en serre puis au vignoble à l’issue du projet. Ce projet (2018-2020) est financé par le PNDV (https://www.plan-deperissement-vigne.fr/webzine/avancee-de-la-recherche/les-nouvelles-techniques-de-sequencage-au-service-de-la-lutte-contre-les-viroses-de-la-vigne).
  • VOUS SEREZ PLUS PARTICULIEREMENT EN CHARGE DE :

          - L’analyse de la diversité génétique des populations de GFLV à partir de plusieurs centaines d’échantillons (dont les génomes viraux ont déjà été assemblés)

          - Des analyses bioinformatiques de phylogénie, phylogéographie et statistiques à corréler aux données biologiques

          - La synthèse et communication des résultats et la rédaction d’articles décrivant ces résultats

LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS

  • Formation recommandée : doctorat en biologie, bioinformatique
  • Connaissances souhaitées : diversité génétique et évolution virale, phylogénie, statistiques, virologie, logiciels de bioanalyses (« R » …)
  • Expérience appréciée : jeune doctorant avec 2-3 années d’expériences
  • Aptitudes recherchées : capacités au travail en équipe, rigueur, motivation, autonomie, esprit d’initiative

MODALITÉS D'ACCUEIL

  • Unité/Lieu : UMR Santé de la Vigne et Qualité du Vin, INRA-Université de Strasbourg, Equipe Virologie et Vection, INRA, 28 rue de Herrlisheim, 68000 Colmar
  • Type de contrat : CDD
  • Durée du contrat : 18 mois
  • Date d’entrée en fonction : juin/juillet 2019
  • Rémunération : 1 900 € à 2 200 € net (dépendant du niveau d’expérience)

MODALITÉS POUR POSTULER

Transmettre une lettre de motivation, une ou deux lettres de recommandation et un CV à :

Olivier LEMAIRE

Emmanuelle VIGNE

Par e-mail :

olivier.lemaire@inra.fr

emmanuelle.vigne@inra.fr

 

English version

POSTDOCTORAL POSITION

VACCIVINE Project, "Plan National Dépérissement du Vignoble", INRA Colmar, France

The "Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)" is a national public scientific research institution with more than 10 000 people. INRA is Europe’s top agricultural research institute and the world’s number two centre for the agricultural sciences. Its scientists are working towards solutions for society’s major challenges (nutrition, environment, agriculture).

MISSION AND ACTIVITIES

  • VACCIVINE PROJECT: Grapevine fanleaf virus (GFLV) is one of the viruses responsible for fanleaf degeneration. There are no effective control strategies against this disease, which causes decline of French vineyards often coinciding with major economic losses. VACCIVINE project aims to evaluate cross-protection by mild strains of GFLV as a biocontrol strategy of this viral disease. The project is based on a network of cross-protected experimental plots in vineyards for which agronomic, serologic and molecular data are collected yearly. The main objectives of the project are to describe and explain the different level of protection observed in cross-protected vines, to study mechanisms of protection, to identify new mild strains able to protect vines, and to establish the proof of concept in order to experiment them in greenhouse and then in vineyard at the end of the project. This project (2018-2020) is funded by PNDV (https://www.plan-deperissement-vigne.fr/webzine/avancee-de-la-recherche/les-nouvelles-techniques-de-sequencage-au-service-de-la-lutte-contre-les-viroses-de-la-vigne).
  • YOU WILL BE IN CHARGE OF:

       - Analysis of population structure and genetic variability within isolates of GFLV from more than 100 samples (complete genomes are already assembled)

       - Bioinformatics analysis, phylogeny, phylogeography and statistics to correlate with biological data

       - Synthesizing and communicating results; writing scientific articles

DESIRED PROFILE

  • Suitable formation: PhD in biology, bioinformatics
  • Background: expertise in genetic diversity, viral evolution, phylogeny, statisticsand bioanalyses software (“R” …)
  • Appreciated experience: previous experience of 2-3 years would be a plus
  • Skills: ability to work in a team, rigor, motivation, autonomy, sense of initiative

DETAILED ARRANGEMENTS 

  • Unit/Place: UMR Santé de la Vigne et Qualité du Vin, INRA-Université de Strasbourg, Equipe Virologie et Vection, INRA, 28 rue de Herrlisheim, 68000 Colmar
  • Type of contract: Postdoctoral contract
  • Duration of contract: 18 months
  • Beginning: June/July 2019
  • Remuneration: 1 900 € to 2 200 € net (depending on experience)

HOW TO APPLY?

Your application should consist of a one-page cover letter, a two-page CV and one or two recommendation letters and should send to:

Olivier LEMAIRE

Emmanuelle VIGNE

Via e-mail:

olivier.lemaire@inra.fr

emmanuelle.vigne@inra.fr