Quantification de l’intensité et de la temporalité des stades phénologiques du manguier par analyse d’image time lapse.

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

avenue d'Agropolis
34390 Montpellier cedex 5
France

Contacts
Philippe Borianne
Emile Faye
Email du/des contacts
philippe.borianne@cirad.fr
emile.faye@cirad.fr
Description

Ce stage a pour objectif de tester les potentialités de l’analyse d’une série temporelle
d’images RGB pour quantifier la phénologie du manguier (dénombrement dans le temps des pousses
végétatives, des inflorescences, des mangues vertes, et des mangues matures). Ces analyses permettront
à terme de caractériser la distribution temporelle des stades phénologiques et d’étudier le lien entre les
stades phénologique à l’échelle de l’arbre (les arbres aux floraisons plus étalées produisent-ils plus de
fruit ? et ces productions sont-elles aussi plus étalées ?)

Le/la stagiaire travaillera sur un time lapse d’un manguier acquis de Mars 2018 à Juin 2019 à un
intervalle de temps de 30 min. Il/elle aura pour taches :
- de réaliser une étude bibliographique approfondie sur l’analyse d’image time lapse et sur les
réseaux de neurones en lien avec les thématiques de suivi phénologique.
- de mettre en forme les images du time lapse pour leur traitement (recadrage, fond, luminosité,
profil colorimétrique…)
- d’appliquer aux images du time lapse un réseau de neurones (Faster R-CNN) pour la détection
et le comptage de mangue sur des images photographiques (réseau déjà développé par l’équipe
encadrante, Borianne et al. 2019).
- d'étudier les possibilités pour le comptage des inflorescences: adaptation du réseau via un jeu
de données annotées en cours de construction, ou segmentation par seuillage (Wang et al. 2018,
Wang at al. 2016).
- d’étudier l’intensité et la temporalité des stades phénologiques clés du manguier (pousses
végétatives, les inflorescences, les fruits verts, et les fruits matures) à partir des résultats
obtenues par analyses d’images de time lapse.

Le stage proposé s’inscrit dans le double contexte d’une thèse #DigitAg (Institut de convergences
Agriculture Numérique) actuellement en cours sur les estimations des rendements du manguier en
Afrique de l’Ouest et d’un projet de transfert technologique vers l’entreprenariat de l’agriculture
numérique. Porté par l’équipe «Evaluation et conception de systèmes horticoles» de l’UR HortSys, ce
stage sera mené en collaboration avec le groupe «Imagerie des Plantes et des Paysages» de l’UMR
Amap (et l’appui méthodologique de l’équipe « Image et Interaction » du LIRMM) (Sarron et al. 2018).

Le profil requis de l’étudiant(e) correspond préférentiellement aux formations des
masters 1 (ou de stage de césure) de la Graduate School de #DigitAg, notamment aux SNS (parcours
BCD) ou IPS ; mais le sujet reste toutefois ouvert à toute autre formation similaire. Le/la candidat(e)
devra présenter un intérêt pour l’analyse d’image, le machine learning et les réseaux de neurones
profonds. Des connaissances en programmation orientée objet (C++, Java) et en langage de script
(Python) sont souhaitées. Le sujet pourra potentiellement déboucher sur un stage de master 2 en 2020
dans la continuité de celui-ci sur les thématiques d’estimation de rendements par machine vision et
CNN. Une volonté de poursuivre à l’interface recherche – entreprenariat dans l’écosystème
d’innovations en agriculture numérique sera un plus.

Le/la stagiaire sera basé(e) à Montpellier au laboratoire UMR AMAP
– botAnique et Modélisation de l’Architecture des Plantes et des végétations du CIRAD. Il /elle sera coencadré(
e) par Philippe Borianne (AMAP – philippe.borianne@cirad.fr) et Emile Faye (HortSys –
emile.faye@cirad.fr). Indemnités de stage : environ 580 € /mois environ + accès cantine CIRAD.

Il est demandé à chaque candidat de fournir un CV et une lettre de motivation (1page)
par email aux encadrants. Une audition en présentielle ou par skype se tiendra rapidement.