Bioinformatique en pharmacogénétique hospitalière

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Place du Pr debré
30029 NIMES 029
France

Contacts
Jean Christophe BOYER
Email du/des contacts
jean.christophe.boyer@chu-nimes.fr
Description

Titre du stage :
Développement d’une application d’aide à la prescription d’analgésiques opioïdes à partir de données issues de NGS.

Orientation scientifique du sujet du stage : Pharmacogénomique, NGS, outil d’aide à la décision thérapeutique, douleur.

Méthodes informatiques utilisées et outils utilisés : programmation JAVA, Python, R et autres langages de programmation ; utilisation d’API, HTML.
Alignement de séquence sur génome de référence, recherche de variants rares, prédiction de pathogénicité sur variants inconnus.

Objectifs : 1) développer un pipeline bioinformatique permettant d’établir le génotype CYP2D6 et de le traduire en phénotype selon le système des scores d’activité.
2) développer un pipeline bioinformatique permettant d’établir le génotype des autres gènes d’intérêt présents sur le panel.
3) Participer au développement d’un véritable outil d’aide à la prescription thérapeutique d’antalgiques opioïdes prenant en considération les caractéristiques génétiques du patient, les interactions médicamenteuses, et les recommandations cliniques de la Société Française de traitement et d’évaluation de la Douleur.

Travail demandé :
Objectif 1 et 2 : ce travail s’appuiera sur l’existence d’outils bioinformatiques disponibles en open-source . Le travail demandé sera de développer une application intégrant les logiciels open-source disponibles dans le cadre de la recherche académique. Cette étape sera exécutée en collaboration avec le service de Bioinformatique du CHU. En parallèle, un deuxième pipeline devra être développé avec les outils d’interprétation actuellement à la disposition des biologistes du CHU de Nîmes (Nextgene, société Softgenetic), pour identifier les variants d’intérêt utiles aux différents projets de pharmacogénétiques du CHU de Nîmes. L’annotation des variants inconnus identifiés fera l’objet d’une collaboration avec le service de bioinformatique .

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente