Ingénieur bio-informatique analyse NGS

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
Renouvelable et extensible selon l’évolution des projets
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

4 rue Larrey
49000 Angers
France

Contacts
Dr Damien Luque Paz
Dr Odile Blanchet
Pr Valérie Ugo
Email du/des contacts
damien.luquepaz@chu-angers.fr
OdBlanchet@chu-angers.fr
valerie.ugo@chu-angers.fr
Description

Nous recherchons un ingénieur bioinformaticien pour rejoindre notre équipe, d'abord pour un contrat initial de 6 mois, renouvelable et extensible selon l’évolution des projets.
Le laboratoire d’Hématologie du CHU Angers développe une recherche translationnelle et appliquée intégrant des études génomiques à visée diagnostique et pronostique dans le domaine des hémopathies malignes et notamment des syndromes myéloprolifératifs (myeloproliferative neoplams) et des leucémies aiguës myéloïdes (acute myeloid leukemia).

Nos travaux sont réalisés en lien avec les travaux de recherche clinique du service des Maladies du Sang du CHU, et au sein du CRCINA INSERM équipe 7, des groupes coopérateurs nationaux FIM (France Intergroupe des syndromes Myéloprolifératifs) et FILO (French Innovative Leukemia Organization), et du réseau des Hôpitaux Universitaires du Grand Ouest (HUGO).

Lien PubMed vers les travaux de l’équipe : https://bit.ly/2Txnqwi

Vous évoluerez dans une équipe dynamique et pluridisciplinaire. Vous serez facilement en contact avec d’autres ingénieurs bioinformaticiens du site.

Connaissances et compétences mobilisées
- Connaissance des données de génomique
- Expérience dans le développement de pipelines d'analyse de données
- Connaissance des outils d’analyse et de visualisation des données de NGS à visée somatique : panel ciblé, WES, RNA-Seq
- Connaissance des méthodes d’analyse des données de génomique single cell et des méthodes de classifications utilisées (ACP, K-means, t-SNE, PLS…)
- Maitrise de l'environnement Unix/Linux / shell
- Langages bash, python, R

Missions
- Développement d’outils d’analyse des données de NGS générées en Hématologie (panel ciblé de 70 gènes environ) utilisant plusieurs callers pour la recherche de SNP, Indel et CNV (en particulier analyse des données générées par le séquençage d’une cohorte nationale de 500 patients)
- Développement d’un pipeline dédié à la recherche de faibles clones < 1% couplé à une technologie de séquençage avec UMI
- Développement d’une base locale et régionale « omic » des variants retrouvés en NGS
- Développement d’outils d’analyse : RNA-Seq, single-cell transcriptome …
- Mettre en place des interfaces utilisables en réseau par les chercheurs pour le transfert, le stockage, le contrôle qualité et l'analyse des données
- Participer à la rédaction des sections spécialisées des articles

Qualités requises
- Autonome et rigoureux, qualités relationnelles, goût pour le travail d'équipe et le partage des connaissances. Esprit d'initiative, curiosité, créativité technique.
- Maitrise de l’anglais scientifique

Angers est une ville étudiante, très agréable, située dans le grand ouest, à 1h40 de Paris en TGV. https://bit.ly/2TlBKw0