Ingénieur bioinformaticien / single cell analyses of direct reprogramming in vivo

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
renouvelable jusqu'à +6 mois
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

1 rue Laurent Fries
67404 Strasbourg
France

Contacts
Sophie Jarriault
Email du/des contacts
sophie@igbmc.fr
Description

Ingénieur bioinformaticien / single cell analyses of direct reprogramming in vivo

FRENCH : Nous recherchons un ingénieur bioinformaticien pour rejoindre notre équipe, d'abord pour un contrat initial de 12 mois, renouvelable et extensible selon l’évolution des projets.
Notre équipe travaille sur la plasticité cellulaire et la capacité de cellules différenciées à changer d’identité, un phénomène appelé reprogrammation directe ou transdifférenciation. Nous avons identifié des évènements naturels de reprogrammation directe chez C. elegans, un petit ver microscopique (http://hobertlab.org/c-elegans-nobel-prizes/), que nous étudions à l’échelle de cellules uniques. Nous avons développé une méthode pour purifier une cellule qui se reprogramme, et avons engagé un certain nombre d’approches genome-wide pour déterminer son transcriptome au cours du temps : bulk and single cell RNA Seq et Dam ID (données dans l’équipe). De plus, nous mettons en œuvre des approches d’ATAC Seq. Avec ces outils nous voulons suivre non seulement la dynamique transcriptionelle, mais aussi les changements d’états chromatiniens (Dam ID) ainsi que les états cellulaires intermédiaires (« Transitions states ») au cours de la reprogrammation, et ce in vivo dans un modèle intégré et physiologique.
Notre équipe, internationale (http://igbmc.fr/research/department/1/team/8/) et soutenue par un grant ERC, est située à l’IGBMC (http://igbmc.fr/), un institut multidisciplinaire à Strasbourg. En sus des interactions avec d’autres équipes intéressées par des thématiques et des approches similaires (http://igbmc.fr/research/department/1/team/131/, http://igbmc.fr/research/department/1/team/6/) avec lesquelles une collaboration pourra être nouée, vous pourrez interagir avec les boinformaticiens liés à la plateforme de séquençage de l’institut.

Connaissances et compétences mobilisées
- Connaissance des données de génomique
- Expérience dans le développement de pipelines d'analyse de données
- Connaissance des outils d’analyse et de visualisation des données RNA-Seq et idéalement DAM ID, ATAC Seq
- Connaissance des méthodes d’analyse des données de génomique single cell et des méthodes de classifications utilisées (ACP, K-means, t-SNE, PLS…)
- Maitrise de l'environnement Unix/Linux /shell
- Langages bash, python, R,…

Missions
- Mise en place dans l’équipe et éventuel développement d’outils d’analyse : RNA-Seq, Dam ID [gènes actifs (ie lié à PolII) ainsi que modélisation des régions actives et inactives de la chromatine]
- Mise en place des interfaces utilisables en réseau par les chercheurs pour le transfert, le stockage, le contrôle qualité et l'analyse des données single-cell transcriptome
- Participation à l’analyse de données RNA Seq et DAM ID et leur interprêtation
- Participer à la rédaction des sections spécialisées des articles

Qualités requises
- Autonome et rigoureux, qualités relationnelles, goût pour le travail d'équipe et le partage des connaissances. Esprit d'initiative, curiosité, créativité technique.
- Maitrise de l’anglais scientifique
- un master minimum, voir un doctorat requis
Pour candidater, merci d’envoyer un CV détaillé (avec expérience de recherche et liste de publications), une lettre de motivation et les contacts de 2-3 références à Sophie Jarriault : sophie@igbmc.fr

ENGLISH version : Job Description: We are seeking a highly motivated bioinformatician with strong interest in biological questions. We have pioneered the study of natural instances of cellular reprogramming establishing the worm as a unique model (see for ex. Jarriault PNAS 2008; Richard Dev. 2011; Kagias PNAS 2012; Hadjuskova Genesis 2012; Zuryn Science 2014; Becker 2016). We have developed methods to perform bulk and single cell omics approaches (RNA Seq, Dam ID) and are developing ATAC Seq in order to determine among others the transcriptional dynamics, the chromatin architecture and the cellular transition states during reprogramming. Among the candidate mission : implementation and/or development of (sc) RNA Seq, Dam ID (active genes and active chromatin regions modelling) and ATAC Seq analysis tools; Setting up of interfaces and work flow usable by other lab members ; Visualisation, analyses and interpretation of the omics data ; Participation to the writing of the corresponding scientific manuscripts.

Scientific Environnement: Our international team (http://igbmc.fr/research/department/1/team/8/), supported by an ERC grant, is part of the Cell and Developmental Department, at the IGBMC in Strasbourg, France. This Research Institute (http://www.igbmc.fr) provides access to state-of-the-art facilities and a vibrant international research environment, and offers the candidate a unique opportunity to be exposed to multidisciplinary teams and a rich scientific life (seminars, international meetings, scientific clubs, retreats, postdocs&students board, etc). Interaction and potential collaborations are possible with several other teams, including http://igbmc.fr/research/department/1/team/131/, http://igbmc.fr/research/department/1/team/6/, and the bioinformatic service of the institute NGS platform.

Candidate: The ideal candidate will have experience with analysis of large datasets, strong programming skills (R/Bioconductor, Python, Perl, C++, UNIX, Bash scripts) and proficiency in big data integration, interpretation and visualization. The candidate is ideally a bioinformatics analyst (with at least a master degree, or a PhD) with a strong background in biology. The candidate must have a first experience in the analysis of RNA Seq data, must be motivated by the biological questions and is expected to work collaboratively with other team members.

Apply: Interested applicants should submit a cover letter with research interests, brief statement on their future goals, description of research experience, curriculum vitae, the names of three referees willing to provide letters of reference to :
Dr. Sophie Jarriault at: sophie@igbmc.fr.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente