Développement de ressources génomiques chez une espèce aquatique invasive, la jussie

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

65 rue de Saint Brieuc
35042 RENNES
France

Contacts
Barloy Dominique
Email du/des contacts
dominique.barloy@agrocampus-ouest.fr
Description

Notre équipe s’intéresse à la jussie, espèce invasive aquatique, dont 2 espèces sont présentes en France, Ludwigia grandiflora (décaploide, 10x=80 chromosomes) et Ludwigia peploides (diploïde, 2x=16 chromosomes). Très répandues au niveau du réseau hydrique national, ces deux espèces aquatiques sont également capables d’envahir les berges et les prairies humides. Afin de comprendre l’adaptation de la jussie au milieu terrestre, des approches génétiques et épigénétiques sont ou vont être développées sur Ludwigia grandiflora. Ne disposant pas de ressources génomiques chez ces 2 espèces, leurs développements sont indispensables pour mener à bien de telles études.
C’est pourquoi, une analyse transcriptomique sur L. grandiflora est en cours via une stratégie ‘gènes candidats’. Par ailleurs, un RNA-Seq va être réalisé avec comme objectifs (1) de générer des données pour réaliser un transcriptome de référence de L. grandiflora et (2) une analyse d’expression différentielle. Parallèlement à l’obtention de données transcriptomiques sur L. grandiflora, il est envisagé de réaliser le séquençage de L. peploides via une approche combinant séquençage ‘long reads’ (nanopore, MinION) et séquençage ‘short reads’ (illumina). L’ensemble des données collectées permettra la réalisation d’un génome de référence pour L. peploides et un transcriptome de référence pour L. grandiflora. L’obtention de ces ressources génomiques favorisera les études génétiques et épigénétiques de notre projet.

Missions et activités confiées :
- Assurer l’assemblage de novo à partir des reads produits par séquenceurs de nouvelle génération (NGS) issues des technologies MiSeq et HiSeq (Illumina) ainsi que MinION (Nanopore).
- Ëtre moteur pour proposer et mettre en œuvre des stratégies pour assembler et annoter des génome ou transcriptome des espèces non modèles, L. grandiflora et L. peploides.
- Collaborer à l’établissement d’un méthylome chez L. grandiflora.
- Participer à la rédaction de publications scientifiques dans des journaux de rang A.
- Présenter les résultats des analyses menées lors de conférences à l’échelle nationale et internationale.

Formation recommandée : Doctorat en bioinformatique, en biologie des systèmes, en informatique ou domaine similaire

Connaissances souhaitées :
- Etre capable d’analyser des données de type NGS (Séquençage, RNA-Seq, …)
- Expérience solide en programmation avec des langages R et Python (ou similaire)
- Maitrise des différents outils informatiques (Ensembl, IPA, cMAP, mirBase,..) et des méthodes pour l’analyse de données (Limma, GSEA)
- Solide expérience dans l’analyse du génome et/ou du transcriptome
- Formation en statistiques
- Maitrise de l’anglais
Des connaissances en assemblage et annotations des génomes polyploides ainsi qu’en biologie seront appréciées.

La prise de poste doit idéalement être au plus tard pour le 3 juin 2019. Cependant un report pour la date recrutement est possible (septembre-novemebre 2019) en fonction de la disponibilité des candidats.

Financement Région Bretagne avec le critère d'éligibilité suivant : Le candidat doit avoir passer un maximum de 18 mois en France lors des 3 dernières années à compter du 28 mai 2018 (à savoir entre le 28 mai 2015 et le 28 mai 2018).

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente