Gestion des données sur les ressources génétiques pour se conformer au Protocole de Nagoya

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Micalis,INRA/AgroParisTech
Domaine de Vilvert, Bat 440
78350 Jouy-en-Josas
France

Contacts
Serge Casaregola
Email du/des contacts
serge.casaregola@inra.fr
Description

Contexte :
Après la signature de la Convention sur la Diversité Biologique au sommet de la Terre en 1992, le Protocole de Nagoya adopté en 2010 demande aux Etats de réglementer l’accès à leurs les ressources génétiques (RG), ainsi que le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation. Ces réglementations qui dépendent de chaque pays impactent les collections de RG et les Centres de Ressources Biologiques dont le rôle est de conserver et de distribuer ces ressources.
RARe (Ressources Agronomique pour la Recherche ; https://www.agrobrc-rare.org/) est une Infrastructure de Recherche qui regroupe les Centres de Ressources Biologiques (CRB) chargés de conserver et distribuer les ressources génétiques (RG) dédiées à la recherche agronomique. Ces CRB sont distribués en cinq piliers : Plante, Forêt, Animal, Environnement, Micro-organismes. Actuellement, les CRBs de RARe, travaillent conjointement dans le cadre d’un projet de deux ans financé par le GIS IBiSA. Ce projet, intitulé « ABS4BRCs », vise à mettre en place de nouveaux outils et procédures pour aider les CRB à travailler en conformité avec la réglementation en vigueur dans les pays d’origine des RG.

Projet :
Dans le cadre du projet « ABS4BRCs », le volet informatique a pour but de développer des outils pour faciliter l’application de la législation en vigueur. Le statut de la ressource vis-à-vis de son utilisation possible par les chercheurs sera apporté sous forme d’un arbre de décision virtuel déduit à partir des données d’origine de la ressource et de sa date d’accès initial, et de la législation mis en place par le pays d’origine.
Une base de données, (e.g. MySQL, PostgreSQL), sera construite afin de couvrir toutes les possibilités à prendre en compte pour l’arbre de décision fournissant un statut « Nagoya » aux RG. Cette base constituera une ressource centralisée pour l’ensemble des CRB, facilitant ainsi l’homogénéisation des informations et leur mise-à-jour. Une API (interface de programmation applicatives) permettant d’interroger cette base et de déterminer le statut « Nagoya » d’une RG à partir d’un certain nombre d’entrées (e.g., pays d’origine, date d’accès, etc.) sera élaborée. Cette API permettra aux différentes ressources des CRB de récupérer le statut « Nagoya », ainsi que d’éventuelles données de législation par pays, relatives à l’origine de chaque RG contenue dans les bases de données et d’afficher ces informations sur le catalogue de RG des CRB. L’intégration de ces informations pour un CRB représentant chacun des cinq piliers de RARe (micro-organisme, plante, animal, environnement, foret) via l’API devra être mise en place et testée.
Les données « législation » seront fournies par les légistes du projet, les autres données inhérentes aux RG sont déjà présentes dans les bases de données des CRB. Cet API devra être utilisable à partir de tous les CRB participants au projet. Le travail sur l’interopérabilité des données entrantes sera effectué en collaboration avec les informaticiens des CRB du projet.
Enfin, les règles législatives seront amenées à évoluer dans le temps, il sera donc nécessaire de développer une interface administrateur facilitant la mise-à-jour ou l’ajout d’informations dans la base de données centralisée.

Profil du candidat :
- Titulaire d’un diplôme dans un domaine de l’informatique ou de la bio-informatique
- Développement Web, connaissance si possible de frameworks :
- PHP (Symfony) ; Python (Django)
- HTML 5, CSS (Bootstrap), JS (jQuery)
- HTTP (REST)
- Gestion de projet informatique (versioning, testing)
- Maîtrise de l’anglais (écrit)

Mots-clefs :
bases de données, MCD/MLD, API, traçabilité, gestion de projet informatique

Sites web:
https://www6.inra.fr/cirm/Levures
https://www.agrobrc-rare.org/

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente