Projet européen IMAGE, caractérisation de variants génétiques chez le poulet

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

INRA de Jouy en Josas - batiment 211
Domaine de Vilvert
78350 Jouy en josas
France

Contacts
Mathieu Charles
Maria Bernard
Email du/des contacts
maria.bernard@inra.fr
mathieu.charles@inra.fr
Description

Durée du poste:
~10 mois, fin de contrat le 29 février 2020

Date de début:
Dès que possible

Salaire :
2000 € brut mensuel (sans expérience, soit < 2 ans)

Lieu:
Laboratoire de Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI: http://www6.jouy.inra.fr/gabi)
Equipe Sigenae (http://www.sigenae.org/)
Domaine de Vilvert
78352 Jouy en Josas

Date limite de candidature
22 avril

Description du poste:

L'équipe SIGENAE , composée de 7 ingénieurs répartis sur les centres INRA de Jouy en Josas et Toulouse , met à disposition des laboratoires de l'INRA travaillant sur les animaux d'élevage des outils et des services de bio-informatique. Ses travaux sont centrés sur l'assemblage et l'annotation de séquences, l'analyse d'expression, la recherche de polymorphismes et la gestion des génotypages.
Le projet européen IMAGE, sur lequel interviendra l'ingénieur, cherche à améliorer l'utilisation des collections génétiques et moderniser la gestion des banques de gènes animaux par l’utilisation de la génomique. Il démontrera les avantages apportés par les banques de gènes dans le développement des systèmes d'élevage durables.

Le bio-informaticien recruté sur ce projet, sera impliqué dans un groupe de travail (WP4) autour de la « caractérisation génomique innovante pour une meilleure évaluation des collections génétiques ».
Dans ce cadre, environ 500 animaux (porcs, poulets, bovins et moutons) ont été séquencés, plusieurs centaines d’autres génotypés sur puce. L’ingénieur recruté participera à deux tâches :
- Imputer la séquence à partir des données de puce pour l’espèce poule, afin de pouvoir comparer les données d’animaux génotypés sur différentes puces et valoriser les données de séquence pour enrichir l’information déduite des données de génotypage ;
- Faire l’annotation fonctionnelle des variants
- Participer à la sélection des variants pour le design d’une puce de génotypage multi-espèces en collaboration avec les autres partenaires européens du projet.

En complément il pourra être amené à réaliser des extractions des variants pour des comparaisons ciblées intéressant les chercheurs INRA ou leurs partenaires.

Les compétences souhaitées :
• bonnes connaissances de l’environnement Unix/Linux
• bonnes connaissances d’un des langages de programmation :Python ou Perl
• expérience en analyse de données à grande échelle, notamment en analyses de variants.

Les bonus :
• connaissance des logiciels NGS (bwa, samtools, GATK, ...) et workflow (Snakemake)
• maîtrise de l’anglais
• connaissances en biologie

Capacités personnelles:
• Diplôme minimum souhaité : BAC +3 info/ bioinformatique (et non BAC+2 comme indiqué dans le formulaire!)
• Bon sens de l’organisation, rigueur, méthode et motivation
• envie de travailler en équipe

Contact :
Les candidatures (CV + lettre de motivation) doivent être envoyées avant le 15 avril 2019.
Contact pour candidature ou autres renseignements : maria.bernard@jouy.inra.fr et mathieu.charles@inra.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe adhérente