Ingénieur Bioinformaticien (H/F) « single-cell RNAseq »

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Parc Scientifique de Luminy
Case 906
13288 Marseille 09
France

Contacts
Pierre Milpied
Email du/des contacts
milpied@ciml.univ-mrs.fr
Description

CDD de 16 mois. Début 1er juin 2019.
Equipe de Pierre Milpied « Immunologie Intégrative des Lymphocytes B », au Centre d’Immunologie de Marseille-Luminy (CIML, Marseille, France).
http://www.ciml.univ-mrs.fr/science/lab-pierre-milpied/integrative-b-ce…
Descriptif du poste :
L’équipe de Pierre Milpied est spécialisée dans les approches intégratives « single-cell » pour l’étude des processus de différenciation et de maturation des lymphocytes B dans le contexte des réponses immunitaires et des cancers. Le candidat sera chargé d’analyser les données obtenues par plusieurs méthodologies single-cell RNAseq sur des lymphocytes B issus de plusieurs modèles d’études, humains et murins. Il travaillera au sein d’un groupe de bioinformaticiens experts dans la conception et le développement de pipelines d’analyses de données « single-cell ». Il devra prendre en main certains pipelines déjà conçus, les adapter aux besoins des projets à venir et produire des rapports de résultats en tenant compte des demandes des porteurs de projet. Il devra être à même d'améliorer les pipelines existants pour y introduire de nouvelles méthodes issues de la littérature.
Compétences requises :
1. Excellente maîtrise de la programmation en R, PYTHON.
2. Maîtrise de logiciels requis pour l’analyse de données génomiques (STAR, Trinity, picard, samtools, DEseq, EdgeR, CellRanger), immunogénomiques (IgBlast, IMGT), et single-cell (Seurat, Monocle, Velocyto).
3. Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.
4. Compréhension pratique des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles (ACP, t-SNE, UMAP, pseudotime, apprentissage statistique, etc.); Expérience des données « single-cell » souhaitée.
5. Bases solides en biologie et immunologie.
Profil recherché :
1. Doctorat en bioinformatique, informatique ou mathématiques appliquées, ou équivalent (grande école d’ingénieur).
2. Expérience réussie en bioinformatique et modélisation mathématique appliquée aux données biologiques, idéalement à l’échelle single-cell.
3. Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.
4. Bonne communication avec les chercheurs en biologie, intérêt pour les questions biologiques.

Salaire en fonction du diplôme et de l’expérience (2476 € bruts mensuels pour niveau PhD avec < 3 ans d’expérience post-thèse).
Contacter milpied@ciml.univ-mrs.fr avec CV, lettre de candidature, et coordonnées d’au moins deux référents.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente