Dynamique des virus et des plasmides dans le microbiote vaginal de jeunes femmes

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

911 avenue Argopolis
34394 Montpellier 5
France

Contacts
Samuel Alizon
Vincent Foulongne
Email du/des contacts
samuel.alizon@cnrs.fr
v-foulongne@chu-montpellier.fr
Description

Cher-e-s tou-te-s,

un financement de thèse est disponible en 2019 à Montpellier avec Samuel Alizon (DR CNRS, MIVEGEC) et Vincent Foulongne (PUPH, CHU de Montpellier) pour travailler sur la dynamique des virus circulaires et des plasmides dans le microbiote vaginal de jeunes femmes suivies longitudinalement. Ce contrat s'inscrit explicitement dans un contexte de recherche clinique et les échantillons sont récoltés dans le contexte de l'étude PAPCLEAR : http://alizon.ouvaton.org/PAPCLEAR.html

Les donnée seront générées pendant la thèse en utilisant des méthodes classiques pour enrichir les échantillons en virus (e.g. par ultra-centrifugation) et/ou en plasmides (e.g. PCR RCA). Le financement est déjà disponible pour du séquençage Illumina et/ou nanopore. Plus de détails concernant le sujet sont disponibles ici : https://www.adum.fr/as/ed/voirproposition.pl?langue=fr&matricule_prop=2…

Le travail sera réalisé à la fois au sein du laboratoire MIVEGEC (UMR CNRS, IRD, Université de Montpellier) et du département de Virologie du CHU de Montpellier.

Le/la candidat-e idéal-e aura un master en bioinformatique ou une expérience de recherche en analyse de données de séquences microbiennes à haut débit. Des compétences de laboratoire (biologie moléculaire de base), en écologie /évolution et/ou en biostatistiques seront un plus.

Attention, il faut que les candidatures soient envoyées avant le 8 mai à l'école doctorale CBS2, qui est en charge de la sélection des candidat-e-s : https://edcbs2.umontpellier.fr/index.html?language=fr&page=future_stude…

Pour plus de détails, écrivez à samuel.alizon@cnrs.fr

N'hésitez pas à faire circuler cette annonce.

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Equipe Non adhérente