Ingénieur bioinformaticien - Traitement de données NGS pour le diagnostic

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
Possible recrutement en CDI à l'issue du contrat
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

59 Boulevard Pinel
69677 Bron
France

Contacts
Claire Bardel
Email du/des contacts
claire.bardel@univ-lyon1.fr
Description

L'activité de la personne recrutée sera intégrée à celle de la cellule bioinformatique de la plateforme de séquençage haut débit (NGS) des Hospices Civils de Lyon. qui compte actuellement 1 ingénieur bioinformaticien et 2 MCU-PH en bioinformatique/génomique. L'activité de cette cellule bioinformatique pour le NGS, à visée majoritairement diagnostique, est également liée à celle du service de biostatistique des Hospices Civils de Lyon.

La personne recrutée participera à la mise en place d'outils d'analyse de données de séquençage haut débit sur la plateforme de séquençage haut débit pour le diagnostic des HCL. Les principales missions sont:

  • Développement, évaluation, validation d’outils bioinformatiques d'analyse de données NGS pour le diagnostic, réalisation des analyses, automatisation des analyses, formation des cliniciens et biologistes à l'utilisation des outils développés.
  • Participation au développement de l'interface web de gestion des analyses NGS et d'analyse des variants
  • Participation à l'encadrement de stagiaires bioinformaticiens
  • Veille technologique sur les thématiques correspondant aux projets de l'ingénieur
  • Participation à la rédaction de procédures, de protocoles, de plans d’analyse, d'articles scientifiques
  •   

Profil recherché :
Diplôme :
Titulaire d'un diplôme de master 2, d'ingénieur ou d’un doctorat en bioinformatique, génétique statistique ou domaine connexe avec une expérience préalable d'analyse de données NGS (données de génétique constitutionnelle ou somatique).

Compétences souhaitées :

  • Maîtrise de langages de script (bash, python ou perl, R) et de langages d'écriture de pipeline (Nextflow par exemple). La connaissance d'autres langages de programmation est un plus.
  • Développement d'interfaces Web et bases de données. La connaissance du framework Laravel est un plus.
  • Bonne connaissance des systèmes d’exploitation Linux/Unix
  • Maîtrise des outils bioinformatiques classiques pour l'analyse de données de séquençage NGS de panels, d'exomes et de génomes entiers (BWA, samtools, picardtools, GATK, Freebayes, etc.)
  • Maîtrise de l'anglais

Qualités requises :

  • Capacité à travailler en équipe et, plus particulièrement dans un milieu pluridisciplinaire
  • Autonomie, initiative et rigueur, bon esprit d'analyse et de synthèse
  • Intérêt pour les sciences biologiques et plus particulièrement pour la génétique
  • Curiosité intellectuelle, goût de s’investir dans des activités nouvelles et variées
  • Maîtrise des techniques de présentation écrite et orale

Salaire à négocier selon l'expérience

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente