Développement de chaînes de traitement d'assemblage de génomes et de recherche de variations

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
Possibilité d'extension jusqu'à 30 mois.
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Chemin de Borde Rouge
31320 Castanet-Tolosan
France

Contacts
Christophe Klopp
Claire Kuchly
Email du/des contacts
christophe.klopp@inra.fr
claire.kuchly@inra.fr
Description

Environnement : Sigenae est une équipe de 7 permanents située sur les centres INRA de Castanet-Tolosan et de Jouy-en-Josas. Sa mission est d'accompagner la communauté scientifique de l'INRA travaillant sur les génomes des animaux d'élevage dans le traitement des données issues des nouvelles technologies à haut débit. Le personnel de la plateforme traite des données, forme les utilisateurs et développe du logiciel d'analyse. L'équipe a participé à une centaine de projets sur les dix dernières années.
L'unité GeT-PlaGe est le site principal de la plateforme GeT du GIS Genotoul. Pour les années à venir, la plateforme GeT a pour objectif de développer les deux axes scientifiques et technologiques suivants :
- Caractérisation du génome : structure fine et organisation fonctionnelle, connaissance de plus en plus poussée du génome, des gènes, de leurs régulations et de leurs interactions
- Étude du polymorphisme
Le site GeT-PlaGe a fait des sciences animales, végétales, de l'environnement et de l'écologie une spécialité. En complément d'approches classiques de séquençage, GeT-PlaGe a développé des axes technologiques et méthodologiques qui étaient pas ou peu pris en charge par le réseau des autres plateformes régionales de France Génomique : le re-séquençage tout génome pour l'étude du polymorphisme, le séquençage whole genome bisulfite pour les analyses épigénétiques, le séquençage long read pour l'assemblage de génome de novo et l'analyse de variations structurales.
Missions :
La mission principale de la personne recrutée sera d'analyser les données générées dans le cadre de l'Axe 1 du projet SeqOccIn. L'axe 1 a pour objectif de développer des chaînes de traitement pour l'automatisation de l'assemblage de génomes de différentes tailles et complexités à partir de données de séquences de nouvelle génération (Chromium 10X genomics, Illumina Novaseq, et Long read Oxford Nanopore). La personne recrutée contribuera à l'expertise des données d'assemblage. Il (Elle) collaborera avec ses collègues de la Plateforme de séquençage (GeT-PlaGe), de la plate-forme Sigenae et Genotoul Bioinfo ainsi qu'avec les biologistes pour lesquels il (elle) sera amené(e) à prendre en charge des analyses.

Savoirs généraux :
Excellente maîtrise d'au moins un langage de programmation et du système Unix
Bonne culture générale en biologie, une première expérience en analyses de données NGS est vivement souhaitable

Savoir-faire :
Curiosité et aptitude à la veille technologique dans le domaine de compétence
Autonomie et organisation dans le travail, bonne gestion du temps

Savoir-être :
Aptitude à présenter les résultats de son travail en réunion de groupe et séminaires externes
Aptitude et goût du travail en équipe
Capacité à interagir avec des équipes de biologistes dans le cadre de collaborations
Capacité à travailler sur plusieurs projets
Rigueur et conscience professionnelle
Goût pour la formation (encadrement d'étudiants, dispense de formations)

Laboratoire: INRA (Sigenae UMIAT, Get PLAGE)

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente