Apprenti « Amélioration des traitements bioinformatiques de données de séquençage haut débit » – GVB ANSES Ploufragan (H/F)

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

rue des fusillés, BP53
22440 Ploufragan
France

Contacts
Fabrice Touzain
RH
Email du/des contacts
fabrice.touzain@anses.fr
recrutement@anses.fr
Description

Entité d’accueil

L’équipe Bioinformatique de l’ANSES de Ploufragan traite les données de séquençage haut débit (NGS) de la plateforme de génomique, enjeu majeur notamment dans l’identification de pathogènes émergents viraux ou bactériens. Dans ce cadre, elle met en place et améliore des pipeline de traitement, et en crée de nouveaux en fonction des données à traiter et des résultats escomptés.

Missions

Pour la mise à disposition des résultats aux biologistes et des analyses personnalisées par les biologistes, elle emploie une instance Galaxy locale. Sous l’encadrement de votre maitre d’apprentissage, vous serez amené(e) à :
- Créer et mettre à jour des pipelines de traitement de données (langages python essentiellement mais pouvant nécessiter perl, java, R),
- S’assurer de la cohérence, de la validité et du versionnage des programmes (utilisation de snakemake et git)
- Permettre leur intégration dans Galaxy pour la mise à disposition aux utilisateurs,
- Potentiellement créer des outils Galaxy assurant l’autonomie des utilisateurs sur une analyse donnée.

Conditions particulières

- Le titulaire de ce poste est soumis à une Déclaration publique d’intérêts*.
* Cette démarche s’inscrit dans le cadre des règles de déontologies de l’Anses. Elles garantissent le respect des obligations notamment d’indépendance et de réserve de ses agents

Diplôme préparé

Cycle d’alternance.

Vous préparez une formation supérieure en bioinformatique (Master 1 ou 2) en contrat d’apprentissage Idéalement 15 jours/mois entreprise et 15 jours/mois école, ou 4 semaines entreprises et 4 semaines école

Expériences similaires

- Stage ou expérience pratique en bioinformatique souhaité

Compétences

- Compétences en informatique et traitement de données,
- Compétences et/ou connaissances en biologie,
- Programmation Python,
- Rigueur, organisation,
- Connaissance de Galaxy, snakemake et git serait un plus,
- Connaissance de perl, java, R serait un plus.

Contrat sur 1 ou 2 ans

Date limite de réponse : 19/05/2019

Renseignements sur la mission : Fabrice TOUZAIN, chef de l’équipe bioinformatique (Tél 02 96 01 62 96 , mail : fabrice.touzain@anses.fr)

Adresser les candidatures par courriel (lettre de motivation + cv) en indiquant la référence AP-2019-060 à : recrutement@anses.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente