CHEF de PROJET EN BIOINFORMATIQUE

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Domaine de SANDREAU
Domaine de SANDREAU
31700 MONDONVILLE
France

Contacts
Bruno CLAUSTRES
Daniel CABERO
Email du/des contacts
bclaustres@ragt.fr
daniel.cabero@euralis.com
Description

CHEF de PROJET EN BIOINFORMATIQUE H/F EXPERIMENTE(E)
Spécialité Génomique

Type de poste : CDI
Date de début : 01/09/2019
Ville: Région Toulousaine
Société-Laboratoires : EURALIS-RAGT-ARVALIS
Contact : Groupe d’Intérêt Economique regroupant 2 acteurs français majeurs dans le secteur des semences de grandes cultures et un institut technique impliqué dans le conseil variétal (EURALIS, RAGT et ARVALIS), recherche un chef de projet en Bio-Informatique.
Les trois partenaires conduisent des programmes de recherche appliquée visant à l’amélioration et la caractérisation de variétés d’espèces végétales de grandes cultures pour différents caractères agronomiques (rendement, tolérance à la sécheresse, résistance aux maladies …) et souhaitent développer une ressource mutualisée de traitement et d’analyse de données Bio-Informatiques.
Le chef de projet aura la mission de créer de novo une structure au service des activités du groupe d’intérêt, en s’appuyant sur une plateforme informatique performante de la région Toulousaine.

Missions et principales activités
Vous prenez la responsabilité complète des activités Bio-Informatique du GIE sous l’angle organisationnel et technique.
• Définition et suivi du projet avec les partenaires (analyse des besoins, adaptation des outils, restitution des résultats…)
• Assurer la liaison avec l’équipe gérant l’infrastructure informatique.
• Installation, paramétrage des logiciels usuels de bio-informatique (génome browser notamment)
• Développement et maintenance de pipelines de traitement de données (nettoyage, formatage, intégration de gros volumes de données, monitoring de la qualité des informations…)
• Gestion des bases de données installées sur la plateforme de calcul
• Formation et assistance des Data Analystes des partenaires sur l’utilisation des outils d’exposition des données
• Rédaction de la documentation technique et fonctionnelle de la plateforme de calcul
• Vieille scientifique dans les domaines liés à la bio-informatique (participation à des séminaires INRA, à des congrès, bibliographie…)
• Participation à des projets rassemblant des partenaires publics et privés.

Compétences scientifiques et techniques
De formation Ingénieur, Master ou PhD en bio-informatique et/ou informatique, vous disposez de 2 ans d'expérience minimum dans des fonctions similaires.

• Maîtrise des techniques de conduite de projets. Hiérarchisation des priorités.
• Vif intérêt pour la Bio-Informatique, la génomique, et leurs challenges. Expérience significative dans le traitement de données de séquences génétiques.
Bonne connaissance des environnements informatiques liés à ces activités :
• Maîtrise de l’environnement Unix (commandes bash ou csh)
• Maîtrise de l’installation d’un serveur web (Apache) pour mise à disposition d’outils et résultats produits aux utilisateurs
• Développement informatique : maîtrise d’un ou plusieurs langages de programmation usuels en bio-informatique (Python, R, Perl, C/C++, Java…)
• Base de données : maîtrise d’un ou plusieurs systèmes de gestion de base de données relationnelles : PostgreSQL, Oracle, MySQL, et du langage SQL
• Connaissance en génétique : variabilité structurale, polymorphisme des génomes
• connaissance des technologies de séquençage et génotypage : les séquenceurs courts et longs fragments, les puces des génotypages, génotypage par séquençage
• Connaissance en bio-informatique : utilisation de BLAST, banques de données génériques (Swissprot, RefSeq,…) et et des sites spécialisées dans les plantes (TAIR,...), recherche de variations, analyse génomique comparative, assemblage de génome, annotation, outils de visualisation
• Connaissance en analyse de données : statistique descriptive et tests simples

Aptitudes personnelles :
• Très bon relationnel et esprit d’équipe
• Aisance dans la communication orale et écrite en français et en anglais
• Rigueur, organisation et méthode
• Capacités d'analyse et esprit de synthèse
• Esprit d’initiative et de créativité, grande autonomie
• Déplacements réguliers en France et occasionnels à l’étranger
Salaire selon profil et expérience

Contacts –
Bruno CLAUSTRES – RAGT - Head of Genetics & Analytics Unit, RAGT 2n, 12510 Druelle – France
Mobile : +33 679 470 617 - Phone : +33 565 713 735 - bclaustres@ragt.fr

Daniel CABERO – EURALIS - Responsable Service Informatique Recherche / Head of IT Research Team.
Domaine de Sandreau , 6 Chemin de Panedautes , 31700 MONDONVILLE - FRANCE
Port. +336 83 99 39 59 - Tel. +335 62 13 64 50 - daniel.cabero@euralis.com

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente