Formation bioinfo (Linux pour la génomique)

Formation : Automatiser des analyses génomiques grâce aux commandes Linux et à l'écriture de scripts (30 septembre- 4 octobre 2019, ~35h) Responsable pédagogique : Vincent Ranwez Le système d’exploitation Linux est disponible sur de nombreux ordinateurs, il offre un ensemble de commandes textuelles très puissantes qu’il est possible d’enchainer (sous forme de « script ») pour réaliser automatiquement des tâches complexes et/ou répétitives. Les objectifs pédagogiques de cette formation sont : i) connaître les commandes essentielles du système Linux, ii) savoir les utiliser pour traiter des données génomiques, iii) être capable d’utiliser un cluster de calculs pour effectuer ces traitements. iv) savoir écrire des scripts « simples » en « bash » (le langage de base de Linux) La formation vise une autonomie des stagiaires via une mise en situation lors de TP (qui constituent l’essentiel de la formation) portant sur des données/problèmes réels (e.g. manipulation de fichiers fasta, assemblage et mapping de données NGS). L’accent est mis sur les aspects techniques et la maitrise de Linux via un fort taux d’encadrement (2 ou 3 encadrants, selon les TP, pour 12 stagiaires max).
Date de début
Date de fin
Lieu

Montpellier
France

Type d'événement
Formation, Atelier, école thématique