Concours externe CNRS : Responsable du Plateau Bioinformatique à l'Institut des Sciences des Plantes de Paris Saclay, ORSAY

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Bâtiment 630
Rue Noetzlin
91405 ORSAY 91405 Orsay Cedex
France

Contacts
Martin Crespi
Abdel Bendahmane
Email du/des contacts
martin.crespi@ips2.universite-paris-saclay.fr
abdelhafid.bendahmane@inra.fr
Description

Ouverture du poste au concours externe CNRS

Emploi-type : Ingénieur-e en calcul scientifique
Affectation : Institut des Sciences des Plantes de Paris Saclay, ORSAY
Groupe de fonction : Groupe 2

Mission :
L'ingénieur-e d'étude recruté-e développe des pipelines d'analyse bio-informatiques, notamment en analyse des données issues du séquençage à haut débit (RNA-Seq, Chip-Seq, prédiction de transcrits, assemblage de novo, etc.) et participe à des projets de recherche spécifiques.
Il/Elle organise et développe la mise en forme, le stockage des données « omiques » et l'accès aux ressources de calcul de l'Unité en interaction avec le pôle informatique et les équipes et plateformes utilisatrices. Il/Elle anime et coordonne les travaux du plateau bio-informatique.

Activités :
- Réaliser l'analyse de données haut débit (NGS) de projets spécifiques en interaction avec les chercheurs en bio-informatique de l'Unité.
- Adapter les applications informatiques aux besoins du projet.
- Diffuser et valoriser des résultats de recherche sous forme de rapports techniques ou d'études, et/ou des apports à des publications
- Conseiller et former les utilisateurs aux techniques et outils développés.
- Animer et coordonner l'activité réalisée dans le plateau bio-informatique
- Définir les procédures d'assurance qualité et veiller à leur mise en œuvre.
- Assurer une veille scientifique et technologique en bioinformatique.
- Participer à des réseaux professionnels en bio-informatique dans le cadre de Paris Saclay et animer la communauté de bio-informaticiens de l'unité.
- Transmettre son savoir-faire et indiquer les formations ou les tutoriels adaptés.
- Assister les utilisateurs dans leur utilisation de l'environnement d'analyse bio-informatique en interaction avec le pôle informatique.

Compétences :
- Maîtrise d'au moins un langage parmi : Python, R, Bash
- Maîtrise de l'utilisation du système Linux
- Maîtrise d'outils d'analyse NGS : bowtie, STAR, samtools, IGV, etc.
- Connaissances générales en biologie
- Notions de statistiques appliquées à la biologie.
- Connaissance des aspects systèmes et architectures des calculateurs.
- Capacité à coordonner et animer une équipe
- Capacité à transmettre des connaissances et animer des sessions de formation.
- Capacité à écouter et à interagir avec ses interlocuteurs et à apporter des réponses spécifiques
- Maîtrise des techniques de présentation orale et écrite, capacité à rédiger de la documentation pour les utilisateurs.
- Langue anglaise : B1 à B2 (selon le cadre européen commun de référence pour les langues)
- Goût pour les activités de service et le travail en équipe.
Contexte :
Au cœur du Campus du plateau de Saclay, L'Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2) (UMR CNRS-INRA-UPSud-U Paris Diderot - UEVE), 200 personnes, est fortement impliquée dans la biologie végétale intégrative (Next Generation Sequencing, épigénomique, imagerie, métabolomique) et membre du LABEX Saclay Plant Sciences et de l'Ecole Universitaire de Recherche « Sciences des Plantes de Saclay EUR-SPS ».
L'Ingénieur-e sera amené-e à interagir avec l'ensemble des équipes (11) et des plateformes de l'Unité (5) et à animer le plateau bio-informatique (6 permanents et 8 CDDs aujourd-hui) afin d'organiser et comprendre les méthodologies développées par l'ensemble de la communauté bio-informatique de l'Unité. Il/Elle sera placé-e sous la responsabilité du Directeur d'unité et devra interagir avec les chercheurs utilisateurs du plateau, en interne, avec l'axe bio-informatique porté par l'école Universitaire EUR SPS et les initiatives collectives en bioinformatique et ressources de calcul (e.g. Institut Français de Bioinformatique) en externe.
Des déplacements dans les laboratoires partenaires, notamment à l'étranger peuvent être envisagés pour se former ou communiquer sur notre savoir-faire.
Des possibilités de formations et d'accompagnement à la prise de fonction peuvent être envisagées selon le profil du candidat retenu.


Si vous souhaitez plus d'informations sur le poste n'hésitez pas à prendre contact avec Martin Crespi (martin.crespi@ips2.universite-paris-saclay.fr) ou avec Abdel Bendahmane (abdelhafid.bendahmane@inra.fr).

Il s'agit d'un recrutement par voie de concours externe au CNRS.

Pour soumettre votre candidature vous devez déposer votre dossier avant le 4/07 via le site dédié.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe adhérente