Bioinformaticien de développement d’interface d’analyse de données

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
jusqu'à 2 ans
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

229 Cours de l'Argonne
33000 BORDEAUX
France

Contacts
Carlo Lucchesi, Bioinformaticien
Yechan Laizet, Bioiformaticien
François Le Loarer, AnatomoPathologiste
Antoine Italiano, Clinicien
Email du/des contacts
c.lucchesi@bordeaux.unicancer.fr
y.laizet@bordeaux.unicancer.fr
f.leloarer@bordeaux.unicancer.fr
a.itailiano@bordeaux.unicancer.fr
Description

Bioinformaticien de développement d’interface d’analyse de données – programme RnaSeq de la BioPathologie et de la Recherche Clinique de l’Institut Bergonié

Contexte
Un nombre croissant de sous-types de tumeurs est associé à des translocations spécifiques d’intérêt diagnostic et plus rarement thérapeutique (RET, NTRK…). Certaines translocations peuvent être identifiées par des techniques microscopiques de routine (Immunohistochimie, FISH…). Néanmoins une fraction de ces altérations ne peut être appréhendée par ces méthodes traditionnelles nécessitant alors un screening par séquençage de moyen et/ou haut débit (RNA-sequencing) pour des raisons de faisabilité et de cout. Les sarcomes représentent une proportion majeure des cancers associés à des translocations (en particulier avec les tumeurs hématologiques) et constituent un recrutement privilégié de l’institut Bergonié. Ainsi, l’accumulation de données biomoléculaires pour ces patients permet des tester des hypothèses sur la régulation des réseaux d’expression génique qui sont associés à la présence de translocations par groupes de patients identifiés lors du diagnostic. La constitution d’une base omique de données d’ARN et d’un portail d’analyse de données d’expression est donc un enjeu important pour l’Institut. L’Institut bénéficie aussi d’une large expérience en bio-informatique et de la disponibilité de pipelines d’analyse et d’intégration de données.

Objectifs
Le candidat / candidate travaillera dans l’équipe bio-informatique à la conception, le développement, l’implémentation et la formation des utilisateurs d’un portail ShinyR qui permettra d’intégrer l’exécution et le reporting des outils bio-informatiques existants à l’Institut pour l’analyse des données RnaSeq. Dans un deuxième temps, le candidat contribuera à l’enrichissement du portail avec des modules machine learning / deep learning.
Pour cela,, Il définira le plan d’implémentation avec l’équipe de bioinformaticiens, pathologistes et cliniciens et procédera à son exécution et à la production des rapports d’avancement qui seront validés de façon collégiale.
Le candidat / candidate travaillera en équipe sous la direction du responsable de la bio-informatique (M. Carlo Lucchesi, Institut Bergonié) dans une équipe dynamique et innovatrice de 7 bio-informaticiens. Disponible et à l’écoute, il / elle travaillera avec les bio-analystes pour l’adaptation des modules d’analyse existants et avec les intégrateurs de données pour relier le portail d’analyse aux outils de gestion du circuit des échantillons biologiques et aux dépôts de données cliniques et omiques.

Méthodologies
Le / la candidate devra maîtriser de façon indispensable le langage R, les modules ShinyR, Dplyr et ggplot2. Il devrait avoir une expérience des méthodes de définition et de visualisation de données multi variées (ACP, Clustering, t-SNE …), des techniques de calcul du différentiel d’expression, des méthodologies des tests statistiques et de l’analyse des réseaux biologiques en utilisant des bases d’annotations publiques (GEO, GSEA,…). La familiarité avec les méthodes et les outils d’apprentissage automatique (R CARET) pour la définition de signatures prédictives / pronostiques sera un plus mais pas obligatoire. Le travail sera exécuté dans un environnement linux, sur des serveurs de calcul HPC.
Il / elle devra être familier avec les technologies NGS : méthodes d’analyse primaires (QC, alignement) et secondaire (détection de variants), et tertiaires (normalisation RnaSeq)
Il / elle sera amené à s’approprier des outils de gestion NGS (pipelines) et d’analyse développées par l’équipe de bio-informatique de Bergonié et à y apporter les éventuelles améliorations. Il / elle sera responsable du codage, débogage et documentation des outils bio-informatiques du portail. La formation des biologistes et cliniciens à l’utilisation des outils bio-informatiques d’analyse fera partie intégrale de son rôle également.

Prérequis
Ingénieur, issue d’un Master en Bio-informatique, le / la candidate devra avoir une expérience confirmée dans l’analyse des données (1 ans minimum d’expérience) plus une expérience prouvée dans l’analyse de données NGS. Sa bonne connaissance de la terminologie de la génétique /génomique et de la transcriptomique humaine le portera à interagir rapidement avec les équipes de biologistes et cliniciens du programme. Il affichera une capacité d’organiser son propre plan d’activité et de documenter / rendre compte de l’évolution de taches planifiées.

Disponibilité
Sept 2018

Type et durée du contrat
CDD, 1 an, renouvelable pour 2 ans

Mots-clés/Keywords
1 R, ShinyR
2 Linux, HPC
3 Git ou Mercurial
4 ACP, Clustering, DGE, tests statistiques, GO, GSEA
5 NGS RnaSeq, ExomeSeq, Génétique, génomique et transcriptomique humaine
6 Travail en équipe, patience, détermination, positivité, communication

Spécialité(s)
Bioinformatique

Referents:
Carlo Lucchesi (Bioinformatique): c.lucchesi@bordeaux.unicancer.fr
Yec’han Laizet (Bioinformatique) : y.laizet@bordeaux.unicancer.fr
François Le Loarer (Pathologie) : f.leloarer@bordeaux.unicancer.fr
Antoine Italiano (Recherche Clinique): A.Italiano@bordeaux.unicancer.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente