Ingénieur.e d'étude en bioinformatique H/F

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
3 mois + 12 mois de prolongation
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

12 rue du Général Zimmer
67084 Strasbourg cedex
France

Contacts
Valérie Cognat
Todd Blevins
Email du/des contacts
valerie.cognat@ibmp-cnrs.unistra.fr
todd.blevins@ibmp-cnrs.unistra.fr
Description

* Contexte :
L'Institut de biologie moléculaire des plantes (http://www.ibmp.cnrs.fr/) situé à Strasbourg est la plus grande unité propre du CNRS dans le domaine du végétal. Elle regroupe aujourd’hui 16 équipes de recherche et de nombreuses plateformes technologiques. Un poste d'Ingénieur d’étude en Bio-informatique (niveau BAC +5) est ouvert au sein de la plateforme de Bioinformatique et infrastructure et de l'équipe « Biogenèse et mode d’action des petits ARN » dirigée par Todd Blevins.
Les travaux menés dans l’équipe visent à caractériser le rôle des petits ARN et les processus épigénétiques dans la surveillance du génome chez Arabidopsis thaliana. Le (la) candidat(e) sera officiellement rattaché à la plateforme B2i pendant les 3 premiers mois (remplacement de congés maternité) mais sera prolongé par un contrat de 12 mois au sein de l’équipe de Todd Blevins (toujours en collaboration avec la plateforme Bio-informatique).

* Missions :
- Analyses bio-informatiques et statistiques des données issues du séquençage haut débit (Illumina et Nanopore).
- Développement des nouveaux outils nécessaires à l’analyse et à l’intégration des données (pipelines, outils statistiques, etc…)
- Déploiement d’outils pour la gestion et la visualisation des données génomiques
- Participation à la veille technologique, au développement et entretien des workflows
- Participation à la formation des biologistes aux outils bio-informatiques

* Profil :
Titulaire d’un Bac+5 en bioinformatique, informatique ou biostatistique avec une première expérience en analyse de données NGS, vous disposez des compétences suivantes :
- Maîtrise des outils et méthodes d’analyse de données haut débit, plus particulièrement pour l’analyse de données RNA-seq, small RNA-seq et/ou séquençage d’ADN après traitement au bisulfite (alignement, analyse différentielle, annotations & visualisation).
- Maîtrise de l’environnement Linux et MacOs. La connaissance de CentOS et du gestionnaire Slurm est un plus.
- Maîtrise de la programmation dans au moins un langage (Python, Bash, Julia, etc…)
- Connaissances en développement de bases de données (MySQL, MongoDB, etc…)
- Notions en bio-statistiques et programmation en R. Une connaissance en Rmarkdown + Shiny est un plus.
- Bonne maîtrise de l’anglais

Les qualités requises sont une grande autonomie, la prise d’initiative, l’organisation et la rigueur. Le candidat doit avoir le sens du travail en équipe.

Candidature en ligne sur Portail Emploi CNRS : http://bit.ly/2L5LqXM

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente