Ingénieur Hospitalier au CHU de Montpellier

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
Renouvellement tous les 6 mois, évolution vers CDI
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

IURC, Institut Universitaire de Recherche Clinique 641, avenue du Doyen Gaston Giraud
34093 MONTPELLIER cedex 5
France

Contacts
Direction des Ressources Humaines et de la Formation , Service du recrutement , CHU Montpellier
Dr Mireille COSSEE
Email du/des contacts
recrutement@chu-montpellier.fr
mireille.cossee@inserm.fr
Description

Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier
Laboratoire de GENETIQUE IURC

Recherche un Ingénieur Hospitalier .

Le laboratoire de génétique moléculaire du CHRU de Montpellier (Pr Michel Koenig) recrute un Ingénieur Hospitalier à temps plein.
Il s'agit d'un poste de bio-informaticien, avec une affectation à mi-temps dans le groupe de diagnostic des Myopathies (Dr Mireille Cossée) et un autre mi-temps en transversal dans le laboratoire (groupe MoBiDiC https://neuro-2.iurc.montp.inserm.fr/mobidic/)

Le groupe Myopathies, constitué sur le versant diagnostic de deux postes de techniciens et d'un poste d’ingénieur effectue le diagnostic moléculaire de pathologies neuromusculaires, avec une approche principalement en séquençage haut débit (NGS) et un focus particulier sur les myopathies de Duchenne et les titinopathies (pathologies dûes à des mutations du gène de la titine).

Description des tâches :
1) Ingénieur dans le groupe Myopathies
Responsable de la stratégie bioinformatique diagnostique d'analyse des données de NGS :
- Panel ciblé (185 gènes) : gestion et amélioration constante de pipelines bioinformatiques d'analyse et d'interprétation de variants en collaboration avec les autres bioinformaticiens du laboratoire.
- Séquençage d'exomes, de génomes, de RNASeq : analyse bioinformatique de données issues de projets de recherche clinique.

Projet : Utilisation d'outils de modélisation de la structure 3D des protéines pour l'évaluation de variants du gène de la titine issus du NGS. Bien qu’aucune expérience ne soit exigée dans ce champ, des connaissances constituent un plus.

Participation à l’écriture de demandes de financements en rapport avec son activité ou celle du groupe, à la diffusion des résultats (posters, présentations orales, articles scientifiques)

2) Ingénieur transversal dans le laboratoire
Participation au groupe de bio-informaticiens du laboratoire, et plus largement du groupe MoBiDiC (groupe de bioinformaticiens du plateau de médecine moléculaire et génomique du CHU de Montpellier).
- Participation active au développement d’une base de données regroupant l’ensemble des variants issus des données NGS du département de génétique du CHU de Montpellier.
- Participation au développement des outils et pipelines d’analyses MoBiDiC.
- Connaissance des outils et thématiques existantes afin de pouvoir prendre le relais en l’absence des autres bioinformaticiens.
- Documentation et présentation des outils développés à visée des bioinformaticiens du groupe, mais aussi des utilisateurs.

Expériences professionnelles souhaitées
- Formation en biologie, formation complémentaire en bioinformatique
- Niveau minimum M2, mais une Thèse doctorale est fortement souhaitée (ou, à défaut, une expérience en analyses de NGS de plusieurs années)
- Anglais scientifique

Connaissances (à maitriser ou à acquérir)
Expérience en bioinformatique, notamment en analyse de données NGS issues de panels ciblés et d'exomes humains. Une expérience en analyse de données de séquençage de génome et de RNAseq seront un plus.
Bonne connaissance dans la création et la gestion des bases de données (SQL et noSQL) et de langages de programmation (python, perl) et de workflow (WDL, snakemake)

Esprit d'initiative, autonomie, rigueur, gestion de projets

Contraintes liées au poste:
Poste équivalent temps plein composé de deux 50% :
- un mi temps spécifique pathologie
- un mi temps transversal

Envoyer CV et lettre de motivation à :

CHU de Montpellier Dr Mireille Cossée
Direction des Ressources Humaines et de la Formation Laboratoire de Génétique Moléculaire
Service du recrutement CHU de Montpellier
191, avenue Doyen Gaston Giraud IURC, Institut Universitaire de Recherche Clinique
34295 MONTPELLIER cedex 5 email: mireille.cossee@inserm.fr
email: recrutement@chu-montpellier.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente