M2 - Regulatory Genomics

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

163 Avenue de Luminy
13288 Marseille Cedex 9
France

Contacts
Benoit Ballester
Email du/des contacts
benoit.ballester@inserm.fr
Description

Stage M2 Bioinformatique

Titre: Detecting enhancer transcriptional activity and enhancers binding origins using the ReMap regulatory catalogue.

 

Nous proposons un stage M2 de Bioinformatique, pour un(e) étudiant(e) ayant ambition de faire un thèse. 

 L'étudiant sera présenté aux concours de l'école doctorale d'Aix-Marseille Université. 

 

Introduction:

Nos travaux sont axés sur l'étude des régions non-codantes des génomes comme par exemple les régions régulatrices (enhancers) qui fixent des facteurs de transcription.  Les techniques de séquençage à haut débit (NGS) ont permis de découvrir ces régions régulatrices, et l’importance de ces régions autrefois appelés « junk dna ». Ces régions sont nombreuses dans le génome humain (80 Million actuellement).

 

L’objectif global du stage est d’analyser en profondeur les données de ReMap. Voici la/les questions que le candidat s’efforcera de répondre pendant son stage :

  • En faisant une analyse intégrative de centaines de données ChIP-seq de Polymérase 2, pouvons-nous mesurer l’étendue de la transcription des enhancers dans le génome humain ?
  • En analysant les données de ReMap, pouvons-nous révéler que certaines séquences répétées (éléments transposables, LINE, SINE, et…) sont une source de nouveaux liaisons a l’ADN de facteurs de transcriptions ?

 

Ces types d’analyses pourraient aussi s’appliquer chez la plante. 

Ce sujet fait partie d’une thématique innovante et compétitive dans le contexte scientifique international.

Ce stage a pour objectif de mener le candidat ou la candidate vers un sujet de thèse en bioinformatique.

Le sujet de thèse pourra être diffèrent ou dans la continuité de ce stage, à définir avec l’étudiant(e).

 

Environnement du stage:

Le ou la stagiaire sera accueilli au sein du laboratoire Inserm 1090 TAGC sur le campus de Luminy. L'étudiant(e) travaillera entouré de chercheurs en bioinformatique, ingénieurs bioinformaticiens et étudiants en thèse de bioinformatique. Le TAGC est un laboratoire 50% bioinformatique, 50% génomique.  Il permettra au stagiaire d'intégrer une équipe de recherche pluridisciplinaire, de travailler sur des clusters de calculs et d’améliorer ses compétences générales en informatique et génomique. Pour plus d’informations, me contacter directement.

 

Compétences attendues

Étudiant(e) très motivé(e), ayant ambition de faire un thèse.

Technique :

  • Compétence de programmation en Python, en Bash,
  • Utilisation/connaissance de SnakeMake pour les pipeline
  • R pour les analyses statistique, plots, rapports Rmd .
  • Aisance dans les systèmes Unix/Linux est primordiale. 
  • Aisance dans l’utilisation de repository GIT.

 

Équipement informatique disponible

  • Desktop Unix : PC Ubuntu ou iMac.
  • Accès au cluster de calcul du laboratoire
  • Accès au grand centre de calcul Mesocentre de l’AMU.

Si vous êtes intéressé(e),

Veuillez envoyer un courriel à benoit.ballester@inserm.fr :

  • un CV détaillé (avec expériences et coordonnées : adresse e-mail, numéro de téléphone)
  • une lettre de motivation 
  • contact pour reference
  • résultats du Master 1 et classement
  • lettre(s) de recommandation
  •  

Pour plus d'informations, n'hésitez pas à contacter : Dr Benoit Ballester benoit.ballester@inserm.fr 

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente