M2 - Identification de signatures moléculaires dans des pathologies rares tumorales et non tumorales

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Bd Prof Jacques Monod
44800 Saint-Herblain
France

Contacts
Aurélien Sérandour
Dominique Heymann
Email du/des contacts
aurelien.serandour@ec-nantes.fr
Dominique.Heymann@univ-nantes.fr
Description

Description du stage
Le projet de recherche porte sur l’étude de maladies rares tumorales et non tumorales. Ce stage de M2 ou stage ingénieur de 6 mois sera centré sur l’analyse et l’intégration de données de type omique de natures variées obtenues à partir de différents types d’échantillons : cultures de cellules primaires traitées par des facteurs recombinants, tissus animaux déficients pour certains gènes ou sauvages, cultures de cellules tumorales.
Les objectifs de ce stage seront d’identifier des signatures moléculaires des populations d’intérêts à partir de données de données transcriptomiques obtenues par RNA-seq, Nanostring et puces affimetrix. De manière plus générale, ces travaux contribueront à une meilleure compréhension des pathologies rares étudiées.
Dans un premier temps, une analyse bibliographique sera effectuée par le stagiaire pour mieux appréhender les outils les plus pertinents pour l'analyse de ces différentes données omiques. Dans un second temps, le stagiaire utilisera ces outils pour analyser plusieurs jeux de données internes disponibles.

Matériel et méthodes
Le stagiaire mettra en place des pipelines d’analyse transcriptomique avec Snakemake en utilisant le super calculateur Bird de l’université de Nantes. Il analysera et interprètera les données avec l’aide de l’équipe encadrante. Le stage fera principalement appel aux langages Bash, Python et R. Une expérience de R serait souhaitable.

Conditions du stage
Le stage s’effectuera sur une durée de 6 mois (début possible à partir de janvier à avril 2020).

Le stage aura lieu au siège au sein de l’Equipe 9 (« Apoptosis and Tumor Progression ») de l’Inserm U1232 (Centre de Recherche en Cancérologie Immunologie Nantes-Angers), Institut de Cancérologie de l’Ouest, Bd Jacques Monod, 44805 Saint-Herblain

A propos de l’équipe d’accueil
L’équipe projet est composée de deux enseignants-chercheurs, d’un ingénieur, d’un technicien, un post-doctorant, et deux étudiantes en thèse.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente