Projet DerepMAX : Développement d’une application chimie analytique pour le traitement de données de déréplication - Alternance

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Cap Sigma - 1682 Rue de la Valsière
34790 GRABELS
France

Contacts
Johane RINALDI
Email du/des contacts
johane.rinaldi@deinove.com
Description

Dans le cadre de la découverte de nouveaux produits naturels antibiotiques, Deinove réalise des prélèvements dans différents environnements. Les bactéries isolées à partir de ces prélèvements sont ensuite criblées par nos plateformes de recherche pour identifier celles produisant des molécules actives par analyse en spectrométrie de masse haute-résolution (déréplication).
L’une des difficultés rencontrées lors du processus de déréplication est le nombre extrêmement important de données à traitées (100 000 signaux par échantillon). Différents outils existent pour le traitement des données. Ces derniers sont hébergés sur différentes plateformes nécessitant le reformatage des données pour chaque outil. De plus, la comparaison de masses exactes n’est pas suffisante pour valider l’identification d’un composé. Il convient de vérifier différents critères (massif isotopique, profil spectral de fragmentation, etc.) afin d’accorder un critère de confiance élevé aux résultats générés.
La mission qui vous sera confiée dans le cadre de votre alternance sera de développer une application concentrant les différents outils utilisés à l’heure actuelle pour réaliser le traitement de données sous une même interface. Une attention particulière sera apportée à l’automatisation de certaines tâches ainsi qu’à la visualisation des données.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente