Etude de la diversité génomique et de la structure de population de porcs de race Duroc

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

24, chemin de Borde-Rouge - Auzeville Tolosane
31320 Castanet-Tolosan
France

Contacts
Audrey Ganteil
Email du/des contacts
audrey.ganteil@inra.fr
Description

Contexte :
La race porcine Duroc est une race originaire des Etats-Unis qui s’est répandue en Europe depuis la fin des années 1960 mais dont l’utilisation est limitée en France. Pourtant, les principales qualités de cette race sont sa rusticité et la teneur élevée en gras intramusculaire de sa viande, caractère associé à une qualité gustative supérieure (Gaudré, 2018), d’où l’intérêt de promouvoir son utilisation dans un schéma de sélection porcin.
Dans la filière porcine, le travail de sélection est réalisé sur les animaux de race pure qui sont ensuite utilisés en croisement afin de produire des porcs charcutiers. Le croisement permet ici d’exploiter la complémentarité entre les races et de bénéficier de l’effet d’hétérosis (Bidanel, 1992). La sélection réalisée en race pure a pour objectif de ne conserver que les meilleurs individus en tant que futurs reproducteurs. Cependant, la création de progrès génétique à long terme nécessite d’être vigilant sur la gestion de la variabilité génétique des populations, afin de préserver le potentiel d’évolution et d’adaptation des animaux en sélection. Aujourd’hui, grâce au génotypage par marqueurs SNP, il est possible de caractériser la diversité génomique de nos animaux de manière plus précise que par des analyses de diversité génétique classiques à partir du pedigree (VanRaden, 2008).

Objectif :
L’objectif de ce travail est de réaliser une analyse exhaustive à la fois de la diversité génomique présente dans une population de verrats Duroc et de préciser la structure de cette population.

Matériels et méthodes :
Nous disposons au laboratoire de 80 génotypages (60000 SNP) de verrats Duroc. Ces données seront analysées avec des outils existants pour la caractérisation de la diversité génomique et de la structure de population. Ce travail sera réalisé sous un environnement Linux avec notamment l’utilisation du logiciel R.

Résultats attendus :
Cette étude permettra de fournir une analyse détaillée de la diversité génomique présente dans cette population de verrats Duroc ainsi que la mise en évidence de sous-populations au sein de notre échantillonnage pouvant présenter des haplotypes particuliers.

Ce stage se déroulera dans l'équipe MODGEN (MODélisation génétique et amélioration GENétique des monogastriques) sous la direction de Catherine Larzul et Audrey Ganteil. Le stage pourra débuter n'importe quand sur la période de Septembre 2019 à Mai 2020.

Références bibliographiques :
Bidanel, J.-P. (1992). Comment exploiter la variabilité génétique entre races: du croisement simple à la souche synthétique. Prod. Anim. hors série, 249–254.
Gaudré, D. (2018). Performances, caractéristiques de carcasse et fréquence des viandes persillées chez des porcs issus de verrats Duroc sélectionnés pour leur gras intramusculaire. Journ. Rech. Porc. 50, 95–96.
VanRaden, P.M. (2008). Genomic Measures of Relationship and Inbreeding. INTERBULL Bull. 37, 4.
Salün, Y (2013). Mémento de l’éleveur de porc (Paris: IFIP-Institut du Porc).

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente