INGÉNIEUR.E EN TRAITEMENT DES DONNÉES BIOLOGIQUES - SOUTIEN BIOINFORMATIQUE AUX RECHERCHES EN GÉNOMIQUE ÉVOLUTIVE

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

57, rue Cuvier
75231 Paris
France

Contacts
https://apps.mnhn.fr/Candidature/?tk=2324418
Email du/des contacts
sarah.samadi@mnhn.fr
abalzeau@mnhn.fr
Description

Contexte
Le pôle d’analyse de l’UMS2700 – Acquisition et Analyse de données pour l’Histoire naturelle, a été
mis en place dans le but d’offrir un guichet « bioinformatique » unique pour le MNHN notamment
dans le cadre du développement dans ses équipes de recherche de jeux de données en génomique
évolutive ou fonctionnelle.
Dans ce contexte, ce poste concerne les besoins d’accompagnement de la communauté en génomique
évolutive.
Les technologies de séquençage à haut débit sont actuellement des méthodologies incontournables pour
les projets en phylogénomique ou en génomique des populations, qui au Muséum concernent des
taxons souvent très divergents et représentant des modèles biologiques non conventionnels. Si les
chercheurs du Muséum maitrisent parfaitement les systèmes biologiques non conventionnels dont ils
sont experts, des freins demeurent dans la mise en œuvre opérationnelle des approches
méthodologiques faisant appel aux NGS, aussi bien au niveau conceptuel que dans l’analyse des
données, limitant l’exploitation et la valorisation des données obtenues. Pour pallier ces manques, les
chercheurs sont actuellement contraints à mettre en place des stratégies de collaboration ou de sous-traitance
qui leur laissent in fine peu de contrôle pour la valorisation de leurs propres résultats, au risque
d’en limiter la portée scientifique et l’originalité. D’autre part, les possibilités d’externalisation sont
souvent limitées par les standards de qualités et quantité attendus par lesdites compagnies, souvent
inaccessibles dans le contexte du Muséum (matériel de collection, protocoles moléculaire et
bioinformatique sont ajusté sur des espèces conventionnelles, faibles quantités de matériel…).
La mission de l’IR en génomique évolutive sera d’apporter son expertise opérationnelle pour
développer et valoriser davantage de projets de recherche en génomique comparative au sein du
Muséum.
Activités
Accompagnement de projets (40%). Elle/Il conseillera en amont les étudiants et chercheurs de
l’établissement pour la mise en œuvre de leurs projets de recherche, notamment dans le choix des
approches génomiques (stratégie expérimentale, technologies de séquençage...) et les moyens à mettre
en œuvre pour le stockage des données. Son aide sera précieuse pour optimiser le choix de solutions
logicielles et leur mise en œuvre sur le cluster du Muséum.
Elle/Il réalisera des scripts permettant de faciliter le traitement et l’analyse des données génomiques et
participera à leur interprétation en lien avec les responsables des projets de recherche.
Elle/Il participera à la rédaction de projets de recherche.
Formation (30%). Le ou la candidat(e) retenu participera aux enseignements en bioinformatique
proposées par l'établissement ainsi qu’au développement de nouvelles offres pédagogiques, mais aussi
à la formation continue des utilisateurs aux outils bio-informatiques. De plus, elle/il participera à
l'animation d'un réseau de bio-informaticiens et de chercheurs utilisant la bio-informatique au Muséum.
Enfin, elle/il prendra part à la gestion des documentations et protocoles nécessaires à la pérennisation
au Muséum des compétences développées au cours des différents projets.
Recherche (30%). En lien avec les collaborations suscitées par les équipes du MNHN, elle/il mènera
une activité de recherche en génomique comparative visant à mieux comprendre l'évolution des
organismes, notamment des processus évolutifs tels que la spéciation, la diversification, l’adaptation,
l’hybridation, etc. Elle/Il pourra utiliser des modèles pour inférer les processus évolutifs qui laissent
leurs empreintes dans les génomes. L’utilisation de ces marqueurs génétiques à l’échelle du génome
pourra également être mise en œuvre dans un contexte de biologie de la conservation.

Fiche détaillée du poste https://www.mnhn.fr/sites/mnhn.fr/files/atoms/files/fiche_de_poste_ir_a…

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente