Analyse bioinformatique de données Hi-C et application en génétique humaine

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

26 rue d'ulm
75248 Paris
France

Contacts
Nicolas Servant
Laila El-Khattabi
Email du/des contacts
nicolas.servant@curie.fr
laila.el-khattabi@inserm.fr
Description

Les techniques d’analyses de structure de la chromatine sont aujourd’hui couramment utilisées pour caractériser les interactions physiques entre régions du génome. Le
développement de méthodes dérivées du Hi-C a totalement modifié notre vision de l’organisation du génome et de son impact sur la régulation de l’expression des gènes, y
compris dans le contexte de pathologie humaine.
Le génome humain porte de nombreuses variations de structure (délétions et duplications de grande taille, inversions, insertions, translocations), qui sont parfois associées à un phénotype clinique pathologique. Les corrélations génotype-phénotype ne sont pas toujours faciles à établir en se basant uniquement sur le contenu en gènes des régions impliquées. Des données récentes ont démontré l’implication de l’architecture chromatinienne dans le mécanisme de survenue de pathologies associées à certains variants de structure mais plusieurs aspects restent encore à élucider.
Le but de ce stage est tout d’abord d’explorer l’impact de diverses variations de structure sur l’organisation spatiale de la chromatine, tout en intégrant des données d’expression, de marques épigénétiques et d’activité transcriptionnelle. Pour cela, nous disposons de données cytogénétiques associées à des pathologies neurodévelopmentales, pour lesquelles l’impact pathogène est connu ou présumé. A partir de données issues de la littérature (Hi-C, transcriptome, marques épigénétiques, etc), nous souhaiterions corréler la présence et l’impact de ces variants structuraux avec l’organisation local de la chromatine et l’expression des gènes avoisinants.
Dans un second temps, ce stage vise également à prendre en main la maintenance et le développement des outils bioinformatiques développés à l’Institut Curie pour l’analyse de données Hi-C (HiC-Pro, nf-core-hic). En bref, cela inclut ; i) la résolution de bugs, ii) l’optimisation de certain processus, iii) la mise en place de solution de déploiement applicatif, iv) le développement de nouvelles fonctionnalités.

Notions abordées au cours du stage :
- Analyse de données Hi-C et épigénomique
- Maladies rares et Génétique chromosomique
- bash, python, R

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe adhérente