Formation NGS & Cancer : Analyses épigénomiques

Formation de 3 jours ouverte aux chercheurs académiques, franciliens, impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie.

Nombre de place limité !
INSCRIPTIONS JUSQU'AU 08/07/2019, midi

Cette formation en salle équipée a pour objectif de vous permettre d'apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R. Cette session est dédiée aux analyses épigénomiques : peak calling, marques d'histone, atac-seq, single-cell épigénomique. Les analyses de données DNA-Seq ou RNA-seq feront l'objet de formations ultérieures.

Au programme :

  • Contrôle qualité des données, alignement, pré-processing, visualisation sous IGV
  • Peak calling et analyse fonctionnelle
  • Analyse de données de marques d'histones
  • Analyses ATAC-seq
  • Ouverture aux approches single-cell épigénomiques
  • Annotation et ressources accessibles
  • Manipulation de données sous R, R Studio, Galaxy

La formation est encadrée par 5 formateurs, de manière à permettre à chaque participant d’échanger avec eux pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Attention, des prérequis en R sont demandés : connaissance de R et R Studio.
Une première partie du cours, théorique, sera a suivre de manière autonome avant la formation de manière à optimiser les 3 jours de formation pratique.

 

Les frais d'inscription et de déjeuner sont pris en charge par le Cancéropôle Île-de-France.

Date de début
Date de fin
Lieu

Paris
France

Type d'événement
Formation, Atelier, école thématique