Analyse intégrative de données génomiques

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Structure et Instabilité des Génomes MNHN - CNRS UMR 7196
43 Rue Cuvier
75005 Paris
France

Contacts
Julien Mozziconacci
Email du/des contacts
julien.mozziconacci@mnhn.fr
Description

Thématique scientifique : 
Bien que nos muscles, nos os ou nos neurones contiennent tous le même génome et donc les mêmes gènes, chaque type de cellule est caractérisé par la transcription de gènes spécifiques. Un défi important en biologie aujourd'hui est de comprendre les mécanismes moléculaires qui sous-tendent la coordination dynamique de l'expression des gènes pendant le développement et la façon dont cette information est encodée dans le génome lui-même.
 Avec l'avènement du séquençage à haut débit, d'énormes investissements ont été réalisés dans le monde entier pour annoter les génomes avec les marques épigénétiques, c.a.d. les modifications biochimiques héritables associées à l’ADN et aux protéines qui le recouvrent. Ces projets ont mené à des résultats importants concernant les mécanismes de régulation des gènes et apporté des connaissances sur les programmes génétiques qui peuvent rendre compte de la différenciation cellulaire. Cependant, l'intégration de toutes ces données dans une approche globale prends du en retard en regard du rythme soutenu de production de ces données. C'est néanmoins une étape essentielle pour tirer parti de ces investissements colossaux. Par exemple, l'accent mis sur l'homme et la souris a conduit à beaucoup de résultats qui pourrait être davantage exploités pour comprendre les similitudes et les différences des programmes de développement de ces deux mammifères étroitement liés. Notre équipe a récemment développé des outils informatiques pour intégrer ces ensembles de données génomiques dans des modèles unifiés de chromosomes, en mettant l'accent sur leur organisation 3D. Cela a été fait à la fois en revisitant les données publiées et en collaborant avec des laboratoires expérimentaux. Ces compétences nous permettent maintenant de progresser vers une étude approfondie de l'interaction fonctionnelle entre la structure chromosomique et le programme génétique à l’ouvre lors de la différenciation cellulaire chez les mammifères. Le chemin que nous proposons de suivre est d'intégrer les nombreux jeux de données génomiques disponibles dans différents types de cellules humaines et de souris grâce à des méthodes issues de la théorie des réseaux.



Compétences requises:
Environnement Linux, bases de données, programmation (C, Python, Matlab, ...), connaissances en technologies haut débit appréciées.


Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente