M2 - Amélioration et optimisation d'une librairie JavaScript pour la visualisation de réseaux métaboliques

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

180, chemin de Tournefeuille
31027 TOULOUSE 3
France

Contacts
Fabien Jourdan
Maxime Chazalviel
Email du/des contacts
fabien.jourdan@inra.fr
maxime.chazalviel@medday-pharma.com
Description

CONTEXTE DU STAGE
La reconstruction des réseaux métaboliques a pour objectif de regrouper l'ensemble des réactions métaboliques pouvant avoir lieu dans une cellule ou un tissu. Ces réseaux peuvent contenir des milliers de réactions et de métabolites. La manipulation interactive du réseau ou de sous-parties de ce réseau permet une analyse visuelle intuitive de la structure du réseau mais également l'analyse globale de données omiques sur les métabolites ou les réactions. Il est donc important de proposer une visualisation intuitive et réactive de ces réseaux de grandes tailles.

Dans le cadre du projet MetExplore (www.metexplore.fr), nous développons depuis 2009 les aspects de visualisation de réseaux et notamment via un composant web : MetExploreViz (https://metexplore.toulouse.inra.fr/metexploreViz/doc). Ce composant est basé sur la technologie JavaScript et la librairie D3js. Afin de mieux accompagner les utilisateurs dans leur étude du métabolisme, MetExploreViz doit être amélioré afin 1) de donner plus d’information sur les métabolites (sommets du réseau) 2) permettre d’abstraire les représentations afin de faciliter l’analyse 3) optimiser le temps de rendu des dessins suite aux interactions. L'objectif est donc d’ajouter des fonctionnalités permettant de rendre la visualisation de réseaux plus informatives et plus rapide.

OBJECTIFS
L’objectif principal est d’optimiser la librairie existante afin de générer et modifier plus rapidement le dessin des réseaux.
Proposer des méthodes de représentation qui permettent de produire des images proches de celles présentent dans les articles d’interprétation du métabolisme comme :
• Ajouter les images des structures des métabolites ;
• Ajouter la possibilité d’abstraire un ensemble de réactions.
D'autres objectifs pourront être envisagés suivant le déroulement du stage : permettre séparer les substrats et les produits sur une sélection, permettre de représenter les données sur les flux métaboliques ...

COMPETENCES SOUHAITEES
Le ou la candidat(e) aura des compétences en informatique :
• JavaScript ++
• Git +
• Intégration continue (Jenkins)

ENCADREMENT ET CONDITIONS D'ACCUEIL
Le stage sera encadré par Fabien Jourdan, directeur de recherche (INRA UMR1331 TOXALIM) et Maxime Chazalviel, ingénieur (société MedDay). Ce stage se déroulera au sein d'un groupe de 7 bioinformaticiens.
Durant le stage, l'étudiant sera amené à présenter ses travaux aux utilisateurs afin d'adapter les développements en fonction de leurs attentes.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe adhérente