Développement d’un package R pour la création d’avatar HLA (Master 1)

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

30 bd Jean Monnet
44093 Nantes
France

Contacts
Estelle Geffard
Email du/des contacts
estelle.geffard@univ-nantes.fr
Description

Contexte : La mise en place du RGPD entraine de nouveaux questionnement de protection des données et de la vie privée, tant dans le domaine des soins que dans celui de la recherche. Le risque de ré-identification est plus que jamais au cœur des préoccupations des réglementations nationales et européennes, ce qui se traduit souvent par des contraintes et des limites au partage des données scientifiques. Le RGPD peut donc avoir une incidence sur la reproductibilité de la recherche, sur les efforts scientifiques conjoints et, en fin de compte, sur les soins aux patients axés sur les données.
Nous proposons une solution simple pour partager les données des génotypes HLA individuels sans compromettre la vie privée des individus : créer des "avatars" HLA à partir de données réelles de génotypes HLA. Sur la base d'une combinaison d'haplotypes fondateurs estimés par algorithme EM à partir de génotypes HLA, nous utilisons un ré-échantillonnage génétique in silico des haplotypes HLA pour générer des génotypes HLA d'individus virtuels non identifiables : "Avatars". Ces génotypes HLA doivent préserver la structure individuelle de l'ensemble de données original.

Objectifs de travail : Au-delà de la génétique, cette "procréation assistée numériquement in silico" est un moyen prometteur de faciliter le partage des données. L'avatarisation peut être améliorée par un rééchantillonnage itératif éclairé qui corrige la troncature naturelle d'échantillonnage de l'haplotype HLA. La méthode de rééchantillonnage peut également tenir compte des annotations cliniques et démographiques par stratification, ce qui nécessite un cadre généralisé pour créer des avatars dans le partage des données et la gouvernance des données dans le contexte de l'après-GDPR. L’objectif du stage sera de développer un package R (à partir d’un prototype) d’ « avatarisation ». Ces développements feront appel à des connaissances en bash, R.

Stage de 2 à 6 mois
Date à définir
Stage M1
CV et lettre de motivation : estelle.geffard@univ-nantes.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe adhérente