Chercheur/Postdoctorant en bioinformatique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Avenue Augustin Fliche, CHU St -ELoi
34295 MONTPELLIER 5
France

Contacts
Therese Commes
Nicolas Gilbert
Anthony Boureux
Email du/des contacts
therese.commes@inserm.fr
nicolas.gilbert@inserm.fr
anthony.boureux@inserm.fr
Description

Offre de poste Postdoctorant en bioinformatique, ou statistiques dans une équipe interdisciplinaire de biologie. Groupe Bio2M "Bioinformatique et Biomarqueurs", IRMB, unité mixte de recherche INSERM/UM/CHU
Notre groupe de recherche s’intéresse, depuis plusieurs années, à la caractérisation et la validation de biomarqueurs diagnostiques, pronostiques et théranostiques en santé humaine. DAns le cadre d'un AAP de al région Occitanie, nous avons bénéficié d'un financement post-doctoral de 18 mois pour accueillir un chercheur en bioinformatique. Notre projet consiste à sélectionner et valider de nouveaux biomarqueurs à partir de données de transcriptomes (RNA-seq) pour répondre à des problématiques de réponse aux traitements et de médecine de précision dans les leucémies aigues myéloides. Le projet comprend deux volets: i/ le développement de nouvelles méthodes bioinformatiques pour l'analyse à grande échelle de données RNA-seq issues de cohortes de patients et de sujets sains, ii/ la mise en place de méthodes d’intégration des données « OMICS » et cliniques. Ce projet repose sur des méthodologies déja développées en interne et des des partenariats en bioinformatique et biologie. Le candidat recherché devra avoir une expérience préalable dans l'analyse de données RNA-seq et de bonnes connaissances en bioinformatique et/ou statistiques.

Mission principale :
BioInformatique, principaux langages de programmation, Analyse et exploration de données haut-débit, connaissance de la biologie, gestion de projet, encadrement de personnel, rédaction en anglais
La personne recrutée prendra en charge le projet d’analyse à grande échelle de données RNAseq (Omics) et la mise en place des procédures informatiques et bioinformatiques dédiées en adaptant des procédures existantes au présent projet. Nous avons besoin d'une personne spécialisée dans le déploiement de pipelines sur des serveurs et/ou supercalculateurs, le développement de pipelines, la connaissance des données RNA-seq et de leur exploration. La personne recrutée réalisera des tests et comparaisons de différentes méthodologies d'approches, elle réalisera la mise en place et le suivi des collaborations avec nos partenaires. Elle aura en charge la mise en forme et la présentation des résultats, l’archivages des données et des analyses, la rédaction de publications

Activités
Bioinformatique, Bionalyse, développement logiciel, Intégration de données RNAseq dans le cadre du projet SuriCARE

Compétences / qualifications
BioInformatique, principaux langages de programmation, Bonne maitrise de R, connaissance en statistiques et méthodes de Machine learning, Analyse et exploration de données haut-débit (RNA-seq), gestion de projet, rédaction en anglais. Une bonne connaissance de la biologie des cancers serait un plus.
Diplome souhaité, thèse en bioinformatique ou biostatistique avec une expérience post-doctorale (qqls mois-4ans)

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente