Création d'un pipeline d'annotation de génomes

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Bat Oceanomed, 163 Avenue de Luminy
Campus Luminy
13288 Marseille 09
France

Contacts
Armougom Fabrice
Lescot Magali
Email du/des contacts
fabrice.armougom@mio.osupytheas.fr
magali.lescot@mio.osupytheas.fr
Description

Développement d’un pipeline d’annotation de génomes procaryotes

Mots-clés: Taxonomie, Génomique, Bio-informatique, Annotation, Nouvelle espèce

Contexte

Au sein de l'Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO), l'équipe de Microbiologie Environnementale Biotechnologie (MEB) s’intéresse notamment aux micro-organismes qualifiés d’extrêmophiles car ils possèdent la particularité de proliférer à des conditions bio-physico-chimiques (température, pression, pH, salinité, ressources nutritives) proches des limites de la vie sur Terre. On retrouve ces extrêmophiles (i.e thermophiles, acidophiles, halophiles, piezophiles) dans les milieux naturels tels les systèmes hydrothermaux marins, les lacs de saumures, les sources chaudes volcaniques ou encore dans le milieu océanique profond. L’équipe MEB étudie ainsi la diversité spécifique et métabolique de ce type de procaryotes à différentes échelles (de l’espèce à l’écosystème) par des techniques d’isolement, de culture mais aussi par des méthodes de séquençage haut-débit (NGS).
Dans ce contexte scientifique, l'équipe MEB possède un savoir-faire reconnu dans l’isolement, la culture et la description de nouvelles espèces procaryotes dans les revues scientifiques spécialisées en taxonomie. Au-delà de la description physiologique de l’espèce, une part importante de cette description revêt des aspects associés à l’analyse bio-informatique. En effet, les nouvelles normes associées à la description d’une nouvelle espèce intègrent les mesures de similarité de génomes (i.e Average Nucleotide Identity, Digital DNA-DNA hybridization, Tetra nucleotide regression), de la phylogénie basée sur le « core-génome », une annotation syntaxique et fonctionnelle du génome, et enfin d’une soumission du génome dans les banques de données de séquences publiques (NCBI, ENA EMBL-EBI ou DDBJ Center).

Objectifs du stage

Afin de venir en aide aux microbiologistes et de normer le travail descriptif en bio-informatique d’une nouvelle espèce au sein de l’équipe, un stage de Master II est proposé avec pour objectif principal de mettre en place, localement, un pipeline d’annotation automatique de génomes procaryotes sur un serveur dédié. Cette mise en place nécessitera une étude exhaustive de la littérature afin de cibler les outils les plus adaptés face aux exigences des revues scientifiques spécialisées dans la description de nouvelles espèces. Le stagiaire aura l’opportunité d’engager un travail descriptif d’une nouvelle espèce isolée au laboratoire par le biais de l’utilisation du pipeline qu’il aura développé et d'effectuer des analyses génomiques complémentaires.

Compétences requises

Bonne connaissance et bonne pratique d'un langage de programmation (Python/Perl) pour la manipulation des séquences et la création de pipelines d'analyses. Intérêt pour la microbiologie/biologie et la génomique. Travail sous environnement Linux.

Environnement du stage

Le stagiaire sera accueilli dans l’équipe MEB (Microbiologie Environnementale et Biotechnologie) du MIO (Mediterranean Institute of Oceanography) et encadré(e) conjointement par les Dr. Fabrice Armougom & Magali Lescot. Le démarrage et la durée du stage est plus ou moins flexible par rapport à ce qui est indiqué dans l'annonce.

Contacts:
fabrice.armougom@mio.osupytheas.fr
magali.lescot@mio.osupytheas.fr

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente