Analyses NGS avec R

Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) organise une formation en Bio-informatique intitulée : "Analyses NGS avec R" à Bordeaux sur 2 jours (du jeudi 24 Octobre 2019 au vendredi 25 Octobre 2019). IL RESTE ENCORE QUELQUES PLACES DISPONIBLES !! Adresse: Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux est localisé au niveau principal du bâtiment du Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux sur le site Carreire de l'Université Bordeaux Segalen (146, rue Léo Saignat 33076 Bordeaux cedex). Ce campus est situé à proximité du CHU Pellegrin. Objectifs: - Savoir analyser des séquences venant de reads NGS - Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés à l'aide de données RNA-seq - Etre capable d'enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissance Public : - Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation - Toute personne souhaitant " exploiter " ses données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques Prérequis: Maîtrise du langage R. Avoir suivi le stage « Langage R : introduction » (Réf. 18338, ce catalogue) ou niveau équivalent. Afin de mieux aider à évaluer votre niveau, nous vous invitons à effectuer le test téléchargeable ICI . Programme: Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération. - Rappels des concepts du séquençage NGS - Les outils d'annotation et de conversion d'identifiant (bioMart) - L'analyse des reads et du résultat d'alignement - l'analyse d'expression différentielle en RNA-seq - Les techniques d'enrichissement - L'exploitation de données métagénomiques - Les outils de visualisation pour les NGS (GGbio, Circos ?) La fin du stage (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires Alternance de courtes présentations (50 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (50 % du temps). Les inscriptions se font sur le site web du CNRS Formation indiqué ci-dessous: https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19025-Analyses-NGS-avec-R.html?axe=98 Pour toute information complémentaire (public visé, niveau, cout, ...), merci de contacter: - Aurélien Barré (aurelien.barre@u-bordeaux.fr) - Katarzina Hooks (katarzyna.hooks@u-bordeaux.fr) - Justine rudewicz (justinerudewicz@gmail.com)
Date de début
Date de fin
Lieu

Bordeaux
France

Type d'événement
Formation, Atelier, école thématique