Outils en génomique pour la coordination sanitaire et épidémiologique européenne sur plateforme GALAXY. (H/F)

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

14 rue Pierre et Marie Curie, ANSES Monod Rdc 06
94700 Maisons-Alfort
France

Contacts
Ludovic Mallet
Email du/des contacts
ludovic.mallet@anses.fr
Description

L'agence:
L'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses) assure des missions de veille, d'expertise, de recherche et de référence sur un large champ couvrant la santé humaine, la santé et le bien-être animal, et la santé végétale. Elle offre une lecture transversale des questions sanitaires et appréhende ainsi, de manière globale, les expositions auxquelles l'Homme peut être soumis à travers ses modes de vie et de consommation ou les caractéristiques de son environnement, y compris professionnel. L’Anses informe les autorités compétentes, répond à leurs demandes d'expertise. L'Agence exerce ses missions en étroite relation avec ses homologues européens.

L'entité d’accueil:
L’Anses, agence nationale de la sécurité sanitaire, de l’environnement et du travail propose un stage dans le laboratoire de sécurité des Aliments de Maisons-Alfort.

Contexte:
Les toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) sont un problème sanitaire et un enjeu pour la protection des populations analysés par l’ANSES dans le but de comprendre et mieux maitriser les risques. La dimension européenne des productions, transformations et échanges de nourriture et d’animaux requiert une coordination internationale d’investigation qui est portée par les laboratoires de référence européens (LRUE). 5 mandats LRUE sont portés par les laboratoires ANSES de Maisons-Alfort qui proposent l’analyse génomique des échantillons par séquençage haut-débit du génome complet ou par amplification ciblée.

Objectifs:
Les objectifs du projet comprennent d’une part la mise en place d’une plateforme partagée qui proposera des services en génomique et épidémiologie aux laboratoires de références européens pour différents pathogènes microbiologiques en sécurité sanitaire des aliments et santé animale et d’autre part, d’y intégrer des outils analytiques en génomique et épidémiologie. Pour faire face à une volumétrie européenne, la plateforme s’adossera aux ressources computationnelles sur site de la mission GAMeR (SLURM) et prospectera l’utilisation de solutions cloud. La mise en place d’une instance GALAXY (galaxyproject.org) s’appuiera sur les efforts des communautés française et internationale.

Profil:
Etudiant motivé en filière bioinformatique, fort intérêt pour le développement. Une motivation personnelle pour l’ingénierie, la programmation et le calcul haute performance.

Compétences:
Aisance en environnement linux (dont notions administratives), ligne de commande, maîtrise d’un langage de script (python, R, bash) et technologies serveur web. Notions ou connaissances de méthodes génomiques (mapping, SNP, phylogénie). La connaissance de GALAXY est un plus, mais la documentation et la communauté sauront nourrir une personne motivée. Une partie conséquente des ressources est en anglais.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente