Mise en œuvre et évaluation de méthodes bioinformatiques pour estimer l’hétérogénéité cellulaire à partir de profilages RNA-seq

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

17 Avenue des Martyrs
38000 Grenoble
France

Contacts
Christophe Battail
Email du/des contacts
christophe.battail@cea.fr
Description

Offre : Stage Master 2 recherche

Mise en œuvre et évaluation de méthodes bioinformatiques pour estimer l’hétérogénéité cellulaire à partir de profilages RNA-seq

Contexte
La technologie de séquençage RNA-seq appliquée à un matériel biologique permet notamment d’obtenir la quantification de son transcriptome. Plus précisément, le RNA-seq génère une quantification moyenné des transcriptomes exprimés par les différentes types cellulaires composant l’échantillon. Des méthodologies bioinformatiques récemment développées permettent désormais d’estimer assez fidèlement la composition en types cellulaires d’un échantillon à partir de son profilage RNA-seq [1, 2]. Cette information permet d’affiner l’interprétation de l’expression des gènes d’un tissu à la lumière des populations cellulaires qui le composent.
[1] Wang et al. Bulk tissue cell type deconvolution with multi-subject single-cell expression reference. Nature Communications, 2019.
[2] Monaco et al. RNA-Seq Signatures Normalized by mRNA Abundance Allow Absolute Deconvolution of Human Immune Cell Types. Cell Reports, 2019.

Objectifs
Nous souhaitons interroger l’hétérogénéité cellulaire de tissus à l’état normal et tumoral à partir de profilages RNA-seq générés par des consortia internationaux (TCGA / GTEX) sur de grandes cohortes de patients. La variation de ces populations cellulaires sera examinée à la lumière des réseaux moléculaires que nous avons précédemment modélisés à partir de ces mêmes cohortes de patients.
Nous souhaitons également comparer l’hétérogénéité cellulaire d’organoïdes et de tumoroïdes prostatiques. Les organoïdes sont des structures multicellulaires en 3D mimant ex vivo la fonction d’un organe sain. Ils sont obtenus par la différentiation et l’auto-organisation de cellules souches ou progénitrices issues de l’organe Les tumoroïdes à l’inverse s’apparentent à des microtumeurs avec une prolifération chaotique et sont incapables de se différencier.

Déroulement du stage
Le/La stagiaire aura pour mission de mettre en œuvre et d’évaluer les méthodes bioinformatiques les plus performantes dédiées à l’estimation de la composition en types cellulaires à partir de données RNA-seq. Il/Elle exploitera ensuite ces méthodes pour analyser la composition cellulaire de cohortes de tissus normaux, normaux adjacents aux tumeurs et tumoraux profilés en RNA-seq. De plus, il/elle travaillera sur des données RNA-seq produites en interne à partir de cultures d’organoïdes et de tumoroïdes afin de comparer les lignages cellulaires impliqués dans la différenciation des cellules progénitrices de l’organe à ceux de l’initiation tumorale.

Laboratoire d’accueil
Le stage se déroulera à l’interface entre deux équipes de recherche du Département Santé de l’Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG) du CEA Grenoble : l’équipe IMAC (http://www.bci-lab.fr/IMAC), membre du laboratoire BCI (http://www.bci-lab.fr, U1036) et l’équipe BIOMICS (http://www.bge-lab.fr/Biomics), membre du laboratoire BGE (http://www.bge-lab.fr, U1038). Le/La stagiaire sera intégré au sein d’un environnement de recherche multi-disciplinaire composé de biologistes et de bioinformaticiens. Il/elle pourra bénéficier d’une infrastructure de calcul performante pour réaliser ses développements bioinformatiques et ses analyses de données.

Profil de candidat souhaité
Connaissances en biologie et en technologies omiques
- biologie de l’expression des gènes
- technologie de séquençage RNA-seq
Expérience en bioinformatique
- langage de programmation (Python/R)
- exploration et visualisation de données
- statistique, machine learning
- unix

Nature du contrat proposé
Stage M2 recherche ou de fin d’étude d’ingénieur de 6 mois à partir de Février 2020.
Merci d’envoyer un CV, une lettre de motivation ainsi que le nom d’au moins un référent à christophe.battail@cea.fr.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente