Bio-informatique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Détails de renouvellement
Offre de stage M1 Bioinformatique, biostatistique, informatique. Deuxième semestre 2019-2020.
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

30 boulevard Jean Monnet
44000 Nantes
France

Contacts
matilde.karakachoff@chu-nantes.fr
Email du/des contacts
matilde.karakachoff@chu-nantes.fr
Description

Intégration de données dans les hémopathies malignes des lymphocytes B matures : de la cohorte clinique aux données issues des soins.
Offre de stage de 3 mois
Laboratoire d'accueil : Clinique des données, CHU de Nantes, INSERM, CIC 1413, Pôle Hospitalo-Universitaire 11 : Santé Publique
Responsable scientifique : Pr. Pierre-Antoine Gourraud
Co-encadrants : Matilde Karakachoff et Thomas Goronflot
Lieu de réalisation du stage : OpenSpace de la Clinique des données, Hôtel Dieu Immeuble Jean-Monet, CHU de Nantes
Compétences requises : Offre de stage pour un étudiant de M1, bonnes compétences en bio-informatique et en programmation, intérêt pour l’épidémiologie et/ou les statistiques, curiosité. Des connaissances en traitement automatique du langage serait un plus mais ne constituent pas un préalable obligatoire.
Contexte
Dans le cadre des clusters de recherche intégrés dans l’HéMA-NExT, soutenus par l’I-Site NExT de l'Université de Nantes, nous proposons un stage de master 1 dans le domaine de l’intégration de données sanitaires à des fins épidémiologiques.
Le cluster de recherche intégrative « L’HéMA-NExT» est axé sur la compréhension, la prévention et le traitement des tumeurs hématologiques à cellules B : myélome multiple (MM) et lymphomes, avec un accent sur les lymphomes à cellules du manteau. Le principal défi en oncohématologie consiste à créer des outils innovants pour l’analyse des phénotypes et sous-phénotypes des cellules tumorales, à comprendre l'hétérogénéité de la tumeur au moment du diagnostic et à déterminer les mécanismes de résistance aux traitements. L’étude de ces mécanismes passe par l’identification des déterminants environnementaux, génétiques et/ou comportementaux qui constituent ce qu’on pourrait appeler le « macro-environnement » des sujets malades. Plusieurs cohortes ont été constituées au sein des services de l’HéMA-NExT afin de mieux caractériser ce « macro-environnement » relatif au patient et son lien avec la réponse aux traitements en oncohématologie. La cohorte Refract-Lyma pour la recherche des facteurs de résistance aux chimiothérapies et thérapies innovantes dans le Lymphome à Cellules du Manteau (LCM), contient à présent environ 100 patients inclus au CHU de Nantes.
Les dossiers médicaux électroniques, ou electronic medical record (EMR), créés pour l’organisation des soins et les besoins administratifs au sein des hôpitaux, sont de plus en plus utilisés à des fins de recherche, principalement clinique et épidémiologique.
Depuis 2018, le CHU de Nantes s’est doté d’un entrepôt de données : « l’Entrepôt de données biomédicales nantais » (EDBN). Cet entrepôt facilite la mise à disposition des équipes de recherche des données collectées dans le cadre du soin. Pour l’exploitation de l’EDBN, la Clinique des Données s’appuie sur le système d’organisation de requêtes eHOP, un outil informatique permettant d’interroger les données structurées (diagnostics associés à l’hospitalisation suivant le codage CIM-10, actes CCAM, etc.) et non-structurées (comptes rendus médicaux, lettres de sortie, etc.). En parallèle, une API a été mise en place entre la base Oracle de l’EDBN et le logiciel R. Il est ainsi possible de manipuler la base soit via une interface point & click pour des requêtes simples, soit directement par l’écriture de commandes R pour les requêtes plus complexes.
Objectif du stage
L’objectif principal de ce stage est de développer un prototype d’algorithme d’extraction de données de l’EDBN en lien avec les patients de la cohorte Refract-Lyma.
A la fin du stage, la cohorte Refract-Lyma pourra être enrichie avec des données d’intérêt issues de l’EDBN et ainsi augmenter le potentiel informatif de cette base de recherche.
Programme
Les principales étapes du stage consisteront à :
1) Identification dans l’EDBN de l’ensemble des patients atteints d’un LCM (LCM-EDBN) ayant été admis au CHU de Nantes.
2) Comparer l’ensemble des patients LCM-EDBN avec la cohorte Refract-Lyma, utilisée comme gold-standard pour la validation de l’algorithme d’identification des patients.
3) Identification/Localisation des variables biologiques/cliniques d’intérêt dans l’EDBN. La liste sera élaborée par les cliniciens/chercheurs du service d’Hématologie du CHU de Nantes.
4) Extraction des informations soit (i) directement à partir des données disponibles sous forme structurée, soit (ii) en s’appuyant sur des méthodes de text mining et de traitement automatique du langage naturel (NLP).
Références
- Damotte V, Lizée A, Tremblay M, Agrawal A, Khankhanian P, Santaniello A, Gomez R, Lincoln R, Tang W, Chen T, Lee N, Villoslada P, Hollenbach JA, Bevan CD, Graves J, Bove R, Goodin DS, Green AJ, Baranzini SE, Cree BA, Henry RG, Hauser SL, Gelfand JM, Gourraud PA. Harnessing electronic medical records to advance research on multiple sclerosis. Mult Scler. 2018 Jan 1:1352458517747407.
- Delamarre D, Bouzille G, Dalleau K, Courtel D, Cuggia M. Semantic integration of medication data into the EHOP Clinical Data Warehouse. Stud Health Technol Inform. 2015; 210:702-6.
- Hanf M, Chiron D, de Visme S, Touzeau C, Maisonneuve H, Jardel H, Pellat-Deceunynck C, Amiot M, le Gouill S. The REFRACT-LYMA cohort study: a French observational prospective cohort study of patients with mantle celllymphoma. BMC Cancer. 2016 Oct 14;16(1):802.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente