Modélisation de la structure des domaines cystéine de mucines

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Institut de Chimie Pharmaceutique Albert Lespagnol. Faculté de Pharmacie
3 rue du Professeur Laguesse
59006 Lille BP83
France

Contacts
RENAULT Nicolas
Email du/des contacts
nicolas.renault@univ-lille.fr
Description

Contexte
Les mucines ou mucoprotéines sont des glycoprotéines qui confèrent un aspect visqueux au mucus. Celui-ci possède des propriétés fondamentales dans le monde du vivant comme par exemple en limitant la déshydratation de certaines algues, en augmentant la propriété hydrodynamique de certains animaux marins ou agissant comme une protection biologique des muqueuses contre des agressions microbiennes, des variations de pH ou des particules de l’air.
Ces mucines sont formées de plusieurs copies de domaines enrichis en cystéines qui peuvent interagir entre eux de façon réversible, suggérant un rôle clé dans la formation du mucus.

Objectifs
La structure des domaines CYS n’est pas résolue expérimentalement et il n’existe pas d’homologie de séquence suffisante pour réaliser de l’homologie comparative.
Le premier objectif du stage consistera à mettre en oeuvre plusieurs méthodes de modélisation de domaines CYS par threading et méthodes ab initio en prenant en considération les contraintes spatiales les combinaisons de ponts disulfure potentiels, l’accessibilité des sites de glycosylation. L’étude sera menée en priorité sur des domaines simplifiés à 3 ponts disulfure (espèces Ciona savignyi ou Oikopleura dioica) puis sur des mucines plus diverses à 5 ou 6 ponts disulfure possibles (muc5A/5B humains). Plusieurs algorithmes comme Rosetta et I-Tasser seront testés et automatisés localement ainsi que les méthodes de validation structurale (Verify-3D, ProCheck, Ramachandran, champs de force - CHARMM, AMBER, AMOEBA).

Compétences attendues
Le stage s’adresse à des étudiants dans un cursus en bioinformatique, chemoinformatique ou biochimie, intéressés par des approches de bioinformatique structurale pour la modélisation de structures protéiques.
. Connaissance de la structure des protéines
. Connaissance de l’environnement UNIX
. Capacité éventuelle à programmer en shell UNIX, python ou R

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente