Mise en place d’un pipeline bioinformatique pour l’identification du surfaceome des cellules immunitaires humaines

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

30 bd Jean Monnet
44093 NANTES 1
France

Contacts
Dr Sophie LIMOU
Dr Fabienne HASPOT
Email du/des contacts
fabienne.haspot@univ-nantes.fr
sophie.limou@univ-nantes.fr
Description

Contexte : L’immunothérapie représente une catégorie de traitements visant à contrôler le système immunitaire du patient via deux grands types de stratégies. D’une part, la prise quotidienne d’immunosuppresseurs par le patient greffé est nécessaire pour limiter l’activation du système immunitaire contre le greffon et prévenir le rejet de greffe. A l’inverse, l’immunothérapie anti-cancéreuse vise à activer le système immunitaire du patient pour promouvoir la destruction tumorale. L’immunothérapie du futur ambitionne de combiner différents anticorps monoclonaux (AcM) ciblant des protéines de surface des cellules immunitaires afin de permettre un contrôle fin de leur activité. L’identification de nouvelles protéines transmembranaires exprimées à la surface des cellules immunitaires humaines représente une première étape vers le développement de nouveaux AcM thérapeutiques.

Objectifs de travail : L’objectif de ce projet de Master 1 est le développement d’un pipeline bioinformatique permettant d’interroger des bases de données publiques (e.g. UniProt, GTEx) et semi-publiques (e.g. GeO datasets) selon un système de règles biologiques (e.g. localisation cellulaire, domaines protéiques, niveau d’expression) afin de caractériser le surfaceome des cellules immunitaires humaines. L’étudiant(e) aura pour missions de :
(1) Identifier les bases de données les plus informatives pour le projet,
(2) Développer la meilleure stratégie bioinformatique pour parser ces larges jeux de données,
(3) Établir la meilleure stratégie combinatoire pour identifier les protéines transmembranaires humaines (surfaceome) exprimées dans les compartiments lymphoïdes et le sang, ou dans les sous-types cellulaires immunitaires,
(4) Classer ces molécules selon la spécificité de leurs résidus intracytoplasmiques,
(5) Automatiser l’ensemble de la procédure en un pipeline bioinformatique réutilisable pour de futurs projets.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente