M1 : Recrutement de bacteries du genre Zobellia dans les métagénomes marins

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

place georges teissier
29680 Roscoff
France

Contacts
Francois Thomas
Erwan Corre
Email du/des contacts
francois.thomas@sb-roscoff.fr
erwan.corre@sb-roscoff.fr
Description

Sujet de stage de Master 1 dans le cadre du Projet Algavor (ANR F. Thomas - UMR8227).

 

Contexte :

Le recyclage de la biomasse de macroalgues s'appuie fortement sur des bactéries pionnières capables d'attaquer les tissus intacts des algues et de libérer des produits de dégradation. Dans le cadre de ce projet, nous explorons de la présence de certaines de ces bactéries pionnières du genre Zobellia dans des métagénomes marins, côtiers ou associés aux algues.

 

Objectifs du stage :

Les génomes disponibles de souches pures de Zobellia seront utilisés pour évaluer la distribution, l'abondance de ce genre en milieu marin. Les lectures correspondantes à ces organismes seront par la suite assemblées sous formes de MAGS (Metagenome Assembled Genome) et une annotation fonctionnelle de ces assemblages sera réalisée. De plus, nous comparerons le matériel enzymatique détecté dans ces métagénomes à celui des souches cultivées afin d’étudier une potentielle adaptation de ces organismes à leur environnement.

 

Outils utilisés : assignation taxonomique (Kraken-Brakken) , assemblage de métagenome (SPAdes), annotation fonctionnelle (prokka) et recherche dans des banques dédiées (CAZy).

Stage de 2 à 6 mois - dates à définir

CV et lettre de motivation : Francois Thomas (francois.thomas@sb-roscoff.fr) et Erwan Corre (erwan.corre@sb-roscoff.fr)

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente