NGS analysis of ATAC-sequencing data in lymphoma

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Faculté de médecine Lyon Sud
Equipe Genestier / Salles
69495 Pierre Bénite
France

Contacts
BACHY Emmanuel
Email du/des contacts
emmanuel.bachy@chu-lyon.fr
Description

Le post-doctorant travaillera sur le projet suivant au sein de l’équipe :
• Exploitation de données d’ATAC-seq (déjà disponibles) obtenues chez ~600 atteints de lymphome T mature (~100 échantillons tumoraux triés / 450 échantillons bulk) (données parallèles de RNA-seq chez ~100 patients en cours):
o Corrélation expression RNA-seq / peaks ATAC sur cellules triées
o Machine learning pour l’aide au diagnostic anatomopathologique sur le bulk
o Déconvolution du signal tumoral dans le bulk
o Autres : variant calling sur les reads obtenus à partir de l’ATAC-seq

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente