Ingénieur Bioinformaticien

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

22, Rue Mechain
75014 Paris
France

Contacts
Maud Racapé
Email du/des contacts
maud.racape@inserm.fr
Description

Actuellement, la prédiction du succès ou de l’échec d’une greffe de rein reste difficile car les mécanismes immunologiques autour d’un greffon rénal sont mal connus. Afin d’améliorer le diagnostic de rejet de greffe, le projet KTD-innov intègre à grande échelle l'évaluation systématique des données cliniques, biologiques, immunologiques et moléculaires des patients.

C’est dans le cadre de ce projet RHU ambitieux que le candidat recruté aura pour mission d’analyser les données de transcriptome (RNA-Seq) issues des prélèvements des patients :

- Réception et intégration des données reçues de la plateforme de séquençage (GENOM’IC de l’Institut Cochin) ;
- Réalisation des contrôles qualités étendus ;
- Production des résultats d’analyse issus de ces données ;
- Rédaction de rapports d’analyse ;
- Modification et adaptation des pipelines si nécessaire en fonction des évolutions technologiques ;
- Participation active/présentation des résultats aux réunions de suivi du projet.

Compétences requises :
- Connaissance des outils d’analyses NGS pour le RNA-Seq : Alignement, comptage, annotation, contrôles qualité, outils statistiques (DESeq2, edgeR)… ;
- Connaissance de l’environnement d’exploitation Linux ;
- Maitrise de R et d’un ou plusieurs autre(s) langage(s) de programmation (bash, perl, python) ;
- Connaissance des bases en génomique et de quelques outils dédiés à la visualisation des données de NGS (IGV…) ;
- Maîtrise de l'anglais pour l'interaction avec les partenaires non francophones et la rédaction de documentations/rapports d’analyse ;
- Aptitude à travailler en équipe et à interagir avec plusieurs interlocuteurs
- Rigueur et sens de l’organisation.

Compétences appréciées :
- Pratique du calcul distribué sur cluster ;
- Connaissance des analyses fonctionnelles par enrichissement, approches modulaires et analyses de réseaux de gènes ;
- Connaissance en immunologie ;
- Connaissance en transplantation d’organe.

Environnement et contexte de travail : Le candidat travaillera sur un environnement Linux, principalement au sein de l’Institut Cochin (Paris) mais sera amené à se déplacer fréquemment (principalement dans les locaux du PARCC et de la société GenoSplice).
Le candidat sera encadré par les bioinformaticiens de la société GenoSplice et sera en contact direct avec la plateforme génomique de l’Institut Cochin qui a produit les données.

Formation et expérience : Master 2 ou PhD bioinformatique/bioanalyse avec une expérience d’au moins 2 ans dans l’analyse de données NGS.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente