Détection de QTL à partir de données de séquence des lignées caprines divergentes pour la longévité fonctionnelle

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

24 chemin de Borde rouge CS 52627
31326 Castanet-Tolosan
France

Contacts
Talouarn Estelle
Rupp Rachel
Robert-Granié Christèle
Email du/des contacts
estelle.talouarn@inra.fr
rachel.rupp@inra.fr
christele.robert-granie@inra.fr
Description

Contexte du stage
En 2010, la première séquence profonde d’une chèvre de race Black Yunnan a été assemblée par une équipe de chercheurs en Chine [1]. Cette première séquence a abouti in fine à la création de la première puce à ADN caprine [2]. 52 295 loci ont été sélectionnés sur le génome caprin dans diverses races du globe pour être positionnés sur une puce SNP 50K. Cette puce a permis de grandes avancées notamment dans les races Alpine et Saanen françaises : premières détection de QTL [3–6], premières évaluations génomiques en 2017 [7–9].

Suite au séquençage des individus ayant servi à la création de la puce caprine, un projet 1 000 génomes a été monté par l’IGGC (International Goat Genome Consortium) : le projet VarGoats (http://www.goatgenome.org/vargoats.html). Lors de la dernière vague de séquençage (fin 2019), 16 boucs alpins fondateurs des lignées divergentes pour la longévité fonctionnelle entretenues à l’INRA de Bourges ont été ajoutés au panel de 40 séquences Alpines déjà disponibles. La longévité fonctionnelle peut être entendue au sens large comme la capacité d’une femelle à poursuivre sa carrière productive indépendamment de son niveau de production. Elle constitue un caractère de synthèse de l’adaptation d’une femelle au système d’élevage et est donc d’intérêt pour les éleveurs. Un premier QTL a été identifié pour ce caractère dans la race Saanen sur le chromosome 19 [3]. En race Alpine toutefois, aucun signal n’a pu être détecté chez les boucs d’insémination artificielle. L’arrivée de nouvelles séquences spécifiquement choisies sur la base de ce caractère permettrait, après imputation vers la séquence de l’ensemble des génotypes 50k disponibles dans la race, d’obtenir un dispositif suffisamment puissant pour détecter des régions associées à la longévité fonctionnelle.

Objectifs du stage
Le candidat aura pour mission (1) d’améliorer et optimiser les processus de filtrage et imputation des données de séquences pour l’appliquer aux données nouvellement disponibles ; (2) d’effectuer des analyses d’association tout génome sur les séquences imputées. Le dispositif devrait permettre l’identification de nouvelles régions associées à la longévité fonctionnelle des chèvres alpines. Une exploration plus fine de l’annotation du génome sous ces régions pourra alors être envisagée en vue d’identifier des gènes candidats.

Compétence attendues du candidat
Formation en génétique quantitative ou bioinformatique
Connaissances en génétique animale appréciée
Connaissance/maîtrise de quelques langages de programmation et goût pour les statistiques

Encadrement et Contact
Estelle Talouarn (Doctorante), Rachel Rupp (DR) et Christèle Robert-Granié (DR) avec l’appui des membres du groupe de génomique caprine de l’UMR GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage). https://genphyse.toulouse.inra.fr/
INRA – UMR 1388 – GenPhySE
24, chemin de Borde Rouge CS 52627
31326 Castanet-Tolosan cedex
Courriel : estelle.talouarn@inra.fr rachel.rupp@inra.fr christele.robert-granie@inra.fr

Merci de transmettre par mail votre CV et une lettre de motivation avant le 31 décembre 2019

Bibliographie
1. Wang W, Dong Y, Xie M, Jiang Y, Xiao N, Du X, et al. Sequencing and automated whole-genome optical mapping of the genome of a domestic goat (Capra hircus). Nat Biotechnol. 2013;31(2):135–41.
2. Tosser-Klopp G, Bardou P, Bouchez O, Cabau C, Crooijmans R, Dong Y, et al. Design and characterization of a 52K SNP chip for goats. PLoS One. 2014;9(1).
3. Palhière I, Oget C, Rupp R. Functional longevity is heritable and controlled by a major gene in French dairy goats. Proc World Congr Genet Appl to Livest Prod. 2018;Species-:165.
4. Martin P, Palhière I, Maroteau C, Clément V, David I, Klopp GT, et al. Genome-wide association mapping for type and mammary health traits in French dairy goats identifies a pleiotropic region on chromosome 19 in the Saanen breed. J Dairy Sci. 2018;0(0):5214–26.
5. Martin P, Palhière I, Maroteau C, Bardou P, Canale-Tabet K, Sarry J, et al. A genome scan for milk production traits in dairy goats reveals two new mutations in Dgat1 reducing milk fat content. Sci Rep. 2017;7(1):1–13.
6. Martin PM, Palhière I, Ricard A, Tosser-Klopp G, Rupp R. Genome wide association study identifies new loci associated with undesired coat color phenotypes in Saanen goats. PLoS One. 2016;11(3):1–15.
7. Teissier M, Larroque H, Robert-Granié C. Weighted single-step genomic BLUP improves accuracy of genomic breeding values for protein content in French dairy goats: A quantitative trait influenced by a major gene. Genet Sel Evol. 2018;50(1):1–12.
8. Carillier C, Larroque H, Palhière I, Clément V, Rupp R, Robert-Granié C. A first step toward genomic selection in the multi-breed French dairy goat population. J Dairy Sci. 2013;96(11):7294–305.
9. Carillier-Jacquin C, Larroque H, Robert-Granié C. Including α s1 casein gene information in genomic evaluations of French dairy goats. Genet Sel Evol. 2016;48(1):1–13.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente