bioinformaticien : analyses NGS en cancérologie

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat renouvelable
Détails de renouvellement
COD de 3 ans
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

26 rue d'Ulm
75248 Paris 05
France

Contacts
Gudrun Schleiermacher
Email du/des contacts
gudrun.schleiermacher@curie.fr
Description
Equipe RTOP, Recherche Translationelle en Oncologie Pédiatrique, U830 INSERM, Institut Curie, 26 rue d’Ulm Paris, France Thème de Recherche Le groupe « Recherche translationelle en oncologie pédiatrique » de l’équipe INSERM U830 « Génétique et Biologie des Tumeurs Pédiatriques» dirigée par Olivier Delattre, Institut Curie, Paris, recherche un ingénieur bio-informaticien. Ce poste concerne l’analyse bio-informatique des données pangénomiques de tumeurs pédiatriques de haut risque et, en collaboration avec les biologistes, la contribution à leur interprétation, ainsi que le data management de ces données. L’équipe mène ou est associée à plusieurs projets dans le cadre de programmes de séquençage nouvelle génération de cancers pédiatriques de haut risque, tel que MAPPYACTS et MICCHADO, avec un objectif de caractérisation moléculaire à partir de données de séquençage whole exome ou whole génome, et en intégrant également des données de RNAseq ainsi que des données epigénétiques et des données single cell. L’analyse de l’ADN libre circulant permet le suivi des altérations identifiées dans des prélèvements successifs. Le projet sera mené au sein d’une équipe ayant déjà une grande expérience dans ce domaine, et dans le cadre d’une collaboration étroite entre bio-informaticiens et biologistes. Dans le cadre des programmes nationaux une collaboration avec d’autres équipes est essentielle. Mission et activités 1) Analyse des données bioinformatiques : Analyse et contribution à l'interprétation des données de caractérisation moléculaire des cancers pédiatriques à haut risque réalisées dans le cadre de programmes de séquençage clinique (MAPPYACTS, MICCHADO) selon les objectifs scientifiques définis, et en intégrant également des données accessibles au public 2) Identification des altérations génétiques spécifiques aux cellules tumorales dans les prélèvements périphériques (ADN tumoral circulant) et comparaison avec les altérations génétiques identifiées dans la tumeur primitive 3) Développement d’algorithmes pour décrire des modèles d’évolution clonale en modélisant l'évolution des altérations d'un individu et leurs éventuelles dépendances entre eux 4) Analyse comparative de l'organisation des données de séquençage nouvelle génération dans les programmes de séquençage pédiatriques en Europe. Conception et mise en place de stockage de données et d'analyse de données à grande échelle. Contribution au data management des données à grande échelle Ces missions seront réalisées en étroite collaboration avec les bio-informaticiens et biostatisticiens du laboratoire. Profil : -niveau de thèse/PhD ou niveau IE avec experience -Expérience souhaitée dans l’analyse de données de NGS, WES, WGS, RNAseq -Formation solide en bioinformatique et statistiques -Maitrise de R et d’un langage de programmation généraliste (Perl, python…) -De solides notions de génétiques seront un plus Type de poste : ▪ Emploi sur Contrat a Objet Défini de 36 mois ▪ Prise de fonction : dès que possible Contact Adresser CV, lettre de motivation et références au Dr Gudrun Schleiermacher, Equipe RTOP, INSERM U830 "Genetics and Biology, of Cancers ", Institut Curie, Section de Recherche, 26 rue d'Ulm, 75248 Paris Cedex 05 (gudrun.schleiermacher@curie.fr). Project of Research. The group "Translational research in pediatric oncology" of the INSERM U830 team "Genetics and Biology of Pediatric Tumors" led by Olivier Delattre, Institut Curie, Paris, is looking for a bio-computer engineer. This position concerns the bioinformatics analysis of the genome data of pediatric high-risk tumors and, in collaboration with the biologists, the contribution to their interpretation, as well as the data management of these data. The team leads or is associated with several projects in next-generation sequencing programs for high-risk pediatric cancers, such as MAPPYACTS and MICCHADO, with a goal of molecular characterization from whole-genome or whole genome sequencing data. and also integrating RNAseq data as well as epigenetic data. The analysis of free circulating DNA allows the monitoring of the alterations identified in successive samples. The project will be carried out within a team already having a great experience in this field, and within the framework of a close collaboration between bioinformaticians and biologists. In the context of national programs, collaboration with other teams is essential. Mission and Activities 1) Analysis of bioinformatic data: Analysis and contribution to the interpretation of molecular characterization data of high-risk pediatric cancers carried out in the context of clinical sequencing programs (MAPPYACTS, MICCHADO) according to the scientific objectives defined, and also integrating publicly available data 2) Identification of genetic alterations specific to tumor cells in peripheral samples (circulating tumor DNA) and comparison with the genetic alterations identified in the primary tumor 3) Development of algorithms to describe models of clonal evolution by modeling the evolution of the alterations of an individual and their possible dependencies between them 4) Comparative analysis of the organization of next-generation sequencing data in pediatric sequencing programs in Europe. Design and implementation of large scale data storage and data analysis. Contribution to large-scale data management These missions will be carried out in close collaboration with the bioinformaticians and biostatisticians of the laboratory. Profile: PhD or engineer level with previous experience Experience required in the analysis of NGS, WES, WGS data Training in bioinformatics and statistics Training in R and a general programming language (Perl, python ...) Knowledge in genetics will be appreciated Position Type: ▪ Contract for a 36 month period ▪ Starting date: as soon as possible Contact : Send resume, cover letter and references to Dr Gudrun Schleiermacher, INSERM U830 "Genetics and Biology, of Cancers ", Institut Curie, Section de Recherche, 26 rue d'Ulm, 75248 Paris Cedex 05 (gudrun.schleiermacher@curie.fr).
Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente