microbiologie et bioinformatique : Bio-colonisation des microplastiques en milieu marin

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Technopôle Brest Iroise
29280 PLOUZANE
France

Contacts
Catherine Dreanno
Laure Quintric
Email du/des contacts
Catherine.Dreanno@ifremer.fr
Laure.Quintric@ifremer.fr
Description

Titre : Bio-colonisation des microplastiques en milieu marin : impact des polymères.

La pollution des océans par les déchets plastiques représente un enjeu environnemental et sociétal majeur. Ces plastiques, comme n’importe quelle surface sont rapidement colonisés par les microorganismes et constituent un nouvel habitat, appelé “plastisphère”. La dégradation de ces polymères en milieu marin va dépendre à la fois de phénomènes abiotiques (UV, stress mécanique, …), mais aussi biotiques (biodégradation par les communautés bactériennes fixées). Une des premières étapes clef de la biocolonisation est la formation de biofilm, celui est généralement initié, dès les premières heures d’immersion, par l’adhésion de bactéries pionnières sur le substrat, celles-ci s’organisant ensuite en biofilm. La fixation des micro-organismes marins sera fonction des caractéristiques physico-chimiques inhérente au matériau (hydrophobicité, charge, rugosité, …)

Plusieurs expérimentations de biocolonisation sur polymères ont été menées en mésocosme, afin d’étudier l’influence de la nature et de l’état de dégradation du matériau sur l’adhésion bactérienne et sur la composition de ces communautés fixées. Le polyéthylène basse densité et le Polyamine ont été choisis pour l‘étude, ceux–ci présentant des propriétés physico-chimiques et des modes de dégradation différents. La biocolonisation des microplastiques a été suivie pendant une période d’un mois en utilisant des approches complémentaires et intégratives pour caractériser les biofilms bactériens : une approche génétique pour identifier les différents taxa constituant les communautés, une approche globale de production bactérienne (estimation du carbone total), une approche biochimique pour explorer les métabolismes de la communauté (mesures des activités de protéolyse, de glycolyse - et d’hydrolyse des phosphomonoesters - activité phosphatase alcaline, APA), une approche microscopique (architecture du biofilm).

Dans le cadre de cette étude, le stagiaire devra examiner la cinétique de formation communautés microbiennes fixées à l’aide des données du séquençage haut-débit (MiSeq, Illumina) de la région V3-V4 des gènes codant pour la petite sous-unité 16S du ribosome. Il devra comparer la dynamique temporelle des communautés microbiennes en fonction de la nature des polymères et de son état de dégradation. Il déterminera les espèces pionnières de la biocolonisation.

Compétences : Bioinformatique, statistique, microbiologie, biologie moléculaire

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente