Mise en place d’outils d’analyse de SNPs de génomes bactériens

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

3 route de la Chatterie
44800 Saint-Herblain
France

Contacts
Younous Adrouji
Email du/des contacts
younous.adrouji@mxns.com
Description

Descriptif de la mission :
Biofortis, une compagnie Mérieux NutriSciences, est une CRO offrant des services d'expertise en
nutrition aux professionnels de la R&D tels que des essais cliniques, des projets de recherche et des
tests bioanalytiques. Dans le cadre des essais cliniques et activités bioanalytiques, Biofortis a
développé ces dernières années une forte expertise autour de l’analyse des microflores complexes
dont le microbiote intestinal. Cette expertise est appuyée par une plate-forme analytique intégrant
différents outils (biochimie, enzymologie, métagénomique ciblée par NGS ADNr 16S, métagénomique
shotgun, typage bactérien par WGS...) permettant la production des données ad hoc qui sont ensuite
traitées et analysées par une équipe dédiée de bioinformaticiens et statisticiens.

Dans le cadre du déploiement par Biofortis de nouvelles activités autour du NGS (Next Generation
Sequencing), l'étudiant aura pour mission de mettre en place des services additionnels autour des
analyses WGS (Whole Genome Sequencing) sur bactéries isolées. Ceci nécessitera de s'approprier
les approches d'analyses utilisées à Biofortis, notamment concernant l’étude des SNPs (Single
Nucleotide Polymorphism), et d’apporter des solutions à des nouveaux besoins.

Le stagiaire aura pour missions de :
- Réaliser un état de l’art des méthodes d’analyse SNPs avec un focus sur la phylogénie
- Mettre en place ces nouvelles méthodes
- Mettre en place une fonctionnalité d’annotation de génome
- Implémenter des représentations graphiques pertinentes
- Automatiser le workflow général

Ces missions s’effectueront au sein d’une équipe pluridisciplinaire intégrant bioinformaticiens,
statisticiens, informaticiens, experts scientifiques et personnel technique de laboratoire.
Le stagiaire pourra également être amené à participer à l’activité bioinformatique du centre.

Période et durée : A partir de janvier 2020 pour une durée de 6 mois
Horaire hebdomadaire de travail : 35 heures

Formation : Formation supérieure en bioinformatique / Niveau Master II ou équivalent
Qualités requises :
- Connaissances en biologie moléculaire et génomique
- Expérience souhaitée en analyse de données NGS
- Maîtrise de l’environnement informatique Linux
- Connaissances de langages de script (bash, Perl, Python, ...) et R
- Bon niveau de l’anglais scientifique (oral/écrit)
- Capacité à interagir dans un environnement pluridisciplinaire
- Capacités d'adaptation, autonomie, rigueur, excellent relationnel, esprit de synthèse et d’initiative

Indemnités de stage : Rémunération convention de stage + participation titres restaurant et frais de
transports en commun

Contact :
Envoyer CV et lettre de motivation à :
Younous Adrouji, Bioinformaticien
younous.adrouji@mxns.com

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente