analyse de données - Campagne de mobilité interne CNRS FSEP 2019/2020

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Observatoire Océanologique de Banyuls
1 Avenue Pierre Fabre
66650 Banyuls-sur-Mer
France

Contacts
Fabien JOUX
Email du/des contacts
joux@obs-banyuls.fr
Description

Le LOMIC recrute sur mobilité interne CNRS un ingénieur d'étude en Microbiologie et génomique microbienne. Il s'agit d'un Seuls les fonctionnaires titulaires et les CDI CNRS peuvent se porter candidats aux fonction FSEP. La campagne de mobilité interne se déroulera du 4 décembre 2019 au 17 janvier 2020.

L’ingénieur(e) aura pour mission l’étude de la diversité phylogénétique et fonctionnelle de microorganismes marins avec l’utilisation d’approches de génomique et de métagénomique. Il (elle) participera également à la réalisation d'expériences à différentes échelles sur des communautés ou des populations microbiennes marines.

Activités :
- Analyse bioinformatique de séquences environnementales et de cultures (diversité phylogénétique, expression différentielle).
- Mise en place et suivi d’expériences réalisées sur des communautés ou des populations microbiennes marines au moyen de différents dispositifs (e.g., cultures en batch, chémostats, mésocosmes).
- Préparation d’échantillons ADN/ARN environnementaux et de cultures (extraction, purification, PCR) en vue de leur séquençage.
- Suivre et se former à l’évolution des techniques d’analyse bioinformatique.
- Assurer la pérennisation des outils bioinformatiques développés au sein de l’unité.
- Assurer la formation des nouveaux arrivants sur les techniques d’analyse bioinformatique de routine utilisées au sein de l’unité.
- Maintien de cultures de microorganismes.

Compétences :
- Connaissances théoriques et pratiques en microbiologie.
- Connaissance solides dans le domaine de la bio-analyse et la bio-informatique (analyses de données NGS telles que métabarcoding, RNASeq et expression différentielle, métagénomique, génomique comparative).
- Maitriser au moins un langage de programmation parmi R, Perl, Python, Java, PHP et des technologies Web (JQuery, JSON...).
- Connaissance des problématiques liées aux Big Data.
- Intérêt pour l’expérimentation et les questions relatives à la microbiologie environnementale.
- Aptitude au travail en équipe.
- Être à l’aise en anglais pour communiquer à l’oral et rédiger des notes techniques.

Contexte :
L’ingénieur(e) d’étude recruté(e) intègrera le Laboratoire d’Océanographie Microbienne (LOMIC, UMR7621 CNRS-Sorbonne Université) (http://lomic.obs-banyuls.fr/). Cette unité CNRS/Sorbonne Université est composée de 11 chercheurs/enseignements chercheurs, 8 techniciens/ingénieurs, 6 doctorants et 5 postdoctorants et CDD. La personne recrutée sera sous la responsabilité du directeur du LOMIC. Le LOMIC développe une recherche originale aux interfaces de la biogéochimie marine, l’écologie microbienne, la physiologique et la génomique. L’objectif de nos travaux de recherche transdisciplinaire, du « gène aux écosystèmes », est d’apporter des bases fondamentales à la compréhension et à la prédiction des réponses des différentes composantes microbiennes marines (procaryotes et eucaryotes) aux changements globaux, anthropiques et climatiques. L’unité est structurée en trois axes thématiques de recherche : 1) Régulation des fonctions microbiennes par les paramètres environnementaux, 2) Biogéochimie et diversité microbienne, 3) Ecotoxicologie microbienne marine et ingénierie métabolique.

L’ingénieur(e) participera directement aux projets de recherche des différents axes thématiques de l’unité avec pour objectif de décrire la diversité phylogénétique et fonctionnelle des communautés microbiennes marines dans différents contextes environnementaux (naturels ou expérimentaux) au moyen des outils de la génomique et de la métagénomique. Ces outils prennent une place de plus en plus importante dans notre activité de recherche. Actuellement, ces compétences sont essentiellement développées par des étudiants en thèse et des postdoctorants. L’ingénieur(e) sera chargé(e) d’organiser, rationaliser et pérenniser ces outils au sein de l’unité. L’ingénieur(e) interagira étroitement avec étudiants doctorants et les postdoctorants et il (elle) aura une mission de conseil auprès des nouveaux utilisateurs de ces outils.

Equipe adhérente personne morale SFBI
Equipe Non adhérente